个人中心
文章发布
退出
作者热门文章
- html - 出于某种原因，IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好？
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景？
75
4
我使用以下命令在下面绘制了一个小平面图:
ggplot(data, aes(factor(Length),logFC)),
+ geom_boxplot(fill = "grey90"),
+ coord_cartesian(ylim=c(-5,5)) + facet_grid(X~Modification)
有没有办法计算每个箱线图的 p 值并将它们作为 geom_text 添加到每个箱线图上方。我想计算一个 t 检验并与 y=0 进行比较。
我的数据是这样的:
X Length logFC Modification
Daub 26 -0.7307060811 NTA
Daub 22 -0.3325621272 NTA
Daub 22 -2.0579390395 NTA
Daub 25 2.7199391457 NTA
Daub 23 -0.0009869389 NTA
Daub 25 -0.3318842493 NTA
...
我的错误信息:
> data <- structure(list(Experiment = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
+ 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
+ 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
+ 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
+ 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
+ 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
+ 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
+ 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
+ 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
+ 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L,
+ 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
+ 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
+ 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
+ 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
+ 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
+ 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("Daub", "Marie",
+ "Meister"), class = "factor"), Length = c(26L, 22L, 22L, 25L,
+ 23L, 25L, 23L, 25L, 24L, 23L, 24L, 26L, 24L, 21L, 20L, 21L, 22L,
+ 22L, 21L, 21L, 21L, 22L, 21L, 22L, 21L, 21L, 20L, 20L, 21L, 25L,
+ 20L, 22L, 24L, 22L, 23L, 24L, 23L, 23L, 22L, 22L, 22L, 22L, 21L,
+ 19L, 21L, 20L, 20L, 20L, 19L, 19L, 19L, 22L, 23L, 23L, 22L, 23L,
+ 22L, 20L, 21L, 24L, 24L, 24L, 25L, 24L, 21L, 20L, 23L, 23L, 20L,
+ 23L, 23L, 24L, 20L, 21L, 22L, 24L, 23L, 22L, 23L, 22L, 23L, 23L,
+ 19L, 21L, 23L, 24L, 22L, 23L, 23L, 21L, 22L, 20L, 22L, 23L, 25L,
+ 22L, 22L, 23L, 22L, 23L, 25L, 25L, 24L, 24L, 23L, 22L, 22L, 25L,
+ 23L, 24L, 23L, 23L, 22L, 22L, 25L, 23L, 22L, 25L, 21L, 19L, 21L,
+ 23L, 22L, 22L, 20L, 20L, 20L, 23L, 22L, 21L, 21L, 23L, 23L, 23L,
+ 21L, 25L, 23L, 24L, 24L, 23L, 23L, 23L, 21L, 22L, 21L, 21L, 23L,
+ 23L, 22L, 22L, 21L, 22L, 22L, 25L, 24L, 24L, 22L, 24L, 24L, 23L,
+ 22L, 21L, 22L, 23L, 20L, 22L, 23L, 24L, 25L, 24L, 25L, 22L, 23L,
+ 24L, 21L, 25L, 23L, 19L, 21L, 21L, 22L, 20L, 21L, 18L, 20L, 20L,
+ 21L, 20L, 23L, 19L, 19L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 21L, 22L, 24L,
+ 20L, 21L, 22L, 22L, 21L, 21L, 21L, 21L, 21L, 23L, 23L, 23L, 25L,
+ 25L, 25L, 23L, 24L, 24L, 24L, 24L, 24L, 24L, 25L, 25L), logFC = c(-0.7307060811,
+ -0.3325621272, -2.0579390395, 2.7199391457, -0.0009869389, -0.3318842493,
+ -2.1922199037, -1.8907961065, -1.9059255014, -0.2815081355, -0.2040330335,
+ 3.661469505, 0.6489955587, -0.0261245467, -1.4312409441, -1.1199604078,
+ -1.6528592355, -2.8208936451, -0.7207549269, -1.6528592355, -1.2540377475,
+ -2.1088724443, -2.1088724443, -1.5556550771, -1.5556550771, -0.2899601367,
+ 0.36449851, -1.7787723427, -1.5556550771, -1.5556550771, -1.5556550771,
+ -2.1092566794, 0.0417776477, -3.0768675589, -4.2573082637, -1.5556550771,
+ -1.8493703566, -0.7310899725, -2.8201262449, -0.7203706918, -2.1088724443,
+ -3.5714106365, -1.5556550771, -1.2144625017, 1.6608916211, -0.3147141406,
+ 1.2344697053, 1.2303596917, 1.2138067782, 0.9409846988, 0.5270928206,
+ -1.0435216994, -1.4320081419, -1.1644217165, -1.1478237529, -0.9941196613,
+ 0.0762668692, 1.0076747803, 0.0679302699, -0.4852244221, 0.7792467457,
+ 0.4902414285, 1.6172022872, 0.5270928206, -1.5403877099, -0.3322684844,
+ 0.0965099283, 0.8067662712, -0.3322684844, -1.2928579903, 0.6067208763,
+ 0.0247576412, -0.0291609233, -0.4737578429, 0.0743062433, 0.1126554177,
+ -0.0156954476, 1.1069888258, -0.956482117, -0.2829742145, 0.8511530937,
+ -0.1571780266, -1.2033199926, -1.1883052896, -0.0619556757, -0.7813018565,
+ 2.2467468049, 2.8382841074, 0.5658773933, -0.4461699001, -0.7409548873,
+ -0.992979577, -1.0966445642, -0.8035321174, 0.4586171366, -0.2760821893,
+ 0.0585422656, 0.0328935437, 0.3858231436, -0.4374188039, 1.1166538873,
+ -1.6539303789, 0.2027459981, -0.2193112677, -0.3939953745, -1.6726108643,
+ 1.1518720793, 2.2517568637, -0.561147283, -2.1625509666, -1.65562751,
+ -0.9048469063, -1.0759388341, 0.4938537603, 1.8754485108, -1.5944759871,
+ 1.0688499798, 2.6559945275, -1.908097968, -1.9214219995, -2.9675169126,
+ 0.0365892303, -0.8345258687, -1.0535567925, -2.0036191122, -1.6843791204,
+ -2.5554312825, -1.5778268888, -1.576142107, -0.9398408101, 2.4453250675,
+ -1.5434092122, -0.794414515, -0.6200158513, 0.5556353409, -1.0772272444,
+ -0.8720587283, -0.8082062813, -0.7353916189, 0.1072543637, 0.5658773933,
+ 0.13043531, -0.0154958912, -0.868710614, -0.1922496916, 1.0682890388,
+ -1.673413308, -0.9581901784, -1.9575141988, -1.8973257122, 1.4967046965,
+ -2.456068976, -1.4577030552, -4.2692094743, -1.9124787897, -1.4993411082,
+ -0.6409837734, 0.6369441273, -0.9960964825, -5.9703084924, -1.97960268,
+ -1.2422870608, -1.5170124157, -1.9021683731, 3.4029417731, 0.1812972171,
+ -1.6370149729, -1.749015407, -2.1677341592, -1.4942545905, -1.1137758818,
+ -1.2428452903, -1.3014446584, 0.0287537402, -0.8721416458, -2.4062762035,
+ -4.0278899462, -2.2229120764, -1.5950383235, -3.6098212725, -2.5979636046,
+ 0.3631424981, 1.1377073609, 0.5151459494, 0.0640542096, -0.7715375264,
+ -1.0361077101, -0.2462753448, -2.3058140776, -0.0847179004, -0.518970228,
+ 0.8519432911, 1.9516260022, -0.5706154628, 1.240812729, 0.336736001,
+ 2.2509464232, -0.322918086, -4.4019571741, -0.5618441487, 3.4700721641,
+ -3.9220135953, -2.1968879291, -0.1362995026, 2.164094913, -1.0688563363,
+ 0.4302583643, 2.6411096027, -3.020513717, -1.5395519303, -2.2219591633,
+ -3.8891956255, 0.9602784132, -0.6470571429, 1.853151793, -0.3271268741,
+ -0.9870872828, -2.516770073, -1.2898235194, -1.7246627604, -0.61328192,
+ -3.5457352204, -2.5068717697), Modification = structure(c(1L,
+ 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 4L, 4L, 4L, 4L,
+ 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L,
+ 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
+ 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
+ 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
+ 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L,
+ 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L,
+ 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
+ 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
+ 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
+ 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L,
+ 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 3L,
+ 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L,
+ 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("NTA",
+ "t3-d", "t3-u", "t5-d", "t5-u"), class = "factor")), .Names = c("Experiment",
+ "Length", "logFC", "Modification"), class = "data.frame", row.names = c(NA,
+ -223L))
> library(dplyr)
> pvalues <- data %>% group_by(Experiment, Modification, Length) %>%
+ filter(n() > 1) %>%
+ summarize(p.value = (t.test(logFC, mu = 0)$p.value))
Error in t.test(logFC, mu = 0) : object 'logFC' not found
最佳答案
您可以通过将数据汇总到一个 p 值表中来实现这一点。这可以使用 dplyr 完成:
library(dplyr)
pvalues <- data %>% group_by(Experiment, Modification, Length) %>%
filter(n() > 1) %>%
summarize(p.value = (t.test(logFC, mu = 0)$p.value))
(filter(n() > 1) 行是为了去除任何大小为 1 的组，无法为其计算 p 值)。这会生成一个如下所示的表格:
# Experiment Modification Length p.value
# 1 Daub NTA 22 0.3980043
# 2 Daub NTA 23 0.3535590
# 3 Daub NTA 24 0.5831962
# 4 Daub NTA 25 0.9137644
# 5 Daub NTA 26 0.6254004
# 6 Daub t3-d 20 0.1493108
现在您可以使用 geom_text 图层将该文本添加到绘图中，选择一些 y，例如 y = 3:
library(ggplot2)
ggplot(data, aes(factor(Length),logFC)) + geom_boxplot(fill = "grey90") +
coord_cartesian(ylim=c(-5,5)) + facet_grid(Experiment~Modification) +
geom_text(aes(y = 3, label = p.value), data = pvalues, size = 1)
您可能需要调整 geom_text 的大小(可能还有角度)以使绘图可读。另请注意，由于您正在执行许多测试，因此您可能应该查看调整后的 p 值而不是原始 p 值。您可以使用
pvalues <- pvalues %>% mutate(p.adjusted = p.adjust(p.value, method = "bonferroni"))
format.pval 函数也会派上用场，尤其是当您的某些 p 值接近 0 时。
关于r - 自动将 p 值添加到 facet plot，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/26564434/
75
4
0
我完全迷失在链接和 Solr 术语的世界中。我目前有一个日期字段，但如果可能的话，我想“进一步”面对它。 一个例子: 字段:日期 领域:语言 所以如果我运行这个查询: http://host:port
有没有办法通过属性的值为 null 或空字符串来过滤命中？ 即，向我展示所有没有作者的对象 facetFilters=作者:空 facetFilters=作者:'' 或者将其包含在 OR 值列表中？
C++ 标准库中有一些标准基类方面，其默认行为依赖于经典的“C”语言环境 (std::locale::classic())。如果您的程序需要特定于文化的功能，那么切换到派生类方面(又名 byname
使用这个 SO solution我创建了一个包含两个“空”图的 facet，目的是与另一组 facet_wrap 图组合，如下所示。目的是为不同的单位测量设置两个 y 轴标签。如何使网格布局看起来像顶
我在 SOLR 索引中存储了大量文档。我想执行一个查询，返回指定字段的 Facet 计数，并返回每个 Facet 字段 的前 100 个文档。 例如。假设我的 SOLR 索引中存储了一堆书。 { na
我使用 Solr 4.7.0 有一个大约 500 万个文档的 Solr 索引，大小为 8GB。我需要在 Solr 中分组，但发现它太慢了。下面是组配置: group=on group.facet=on
Elasticsearch Histogramfacet似乎不支持 all_terms = true(即:即使 count=0 也返回 facetvalue/bucket) 这是正确的吗？ 最佳答案
有$facet自 3.4 以来 mongo 中的聚合阶段 -这个很酷。它允许在同一个输入文档集的单个阶段内处理多个聚合管道。 但它不允许在另一个 $facet 中使用一个 $facet。引用:“任何其
我在 solr 中使用 Stats 组件来获取分面统计数据，效果很好，现在我有兴趣对我的日期字段执行相同的操作。但是在统计模块中使用 facet.date 字段似乎不起作用，有没有办法让它工作？ 我的
我正在尝试将多个图与方面对齐。我的问题有点小但很烦人:我可以制作一个绘图，以便绘图区域对齐并且刻面本身对齐，但是刻面条的宽度并不完全相同。如果刻面的标签长度不同，则刻面条的大小将调整为使文本适合刻
我在 R 中有一个数据框，我想在分面 ggplot 条形图中绘制它。 我在 ggplot 中使用此代码: ggplot(data_long, aes(x = partei, y = wert, fil
我在 Eclipse Java EE IDE 中有一个面向 Web 开发人员的 Maven 项目。但是当我启用 JPA 方面时，我无法选择 JPA(没有 JPA 选项)。我是否忘记包含一些依赖项？ 我
我使用 ggplot 绘制了一个分面图这是情节 我的问题是，刻面(标签)按字母顺序排序(例如:E1、E10、E11、E13、E2、E3、I1、I10、I2)但我需要它们是像 E1、I1、E2 这样的自
我正在尝试在 Intellij IDEA 14 中运行播放框架应用程序。 我安装了 Scala 插件并需要所有 jar 文件。 但是在 Project-Structure -> Facet 中，我在添
我正在使用命令 qplot(factor(ww), WeeklyYield, geom = "bar", fill = I("grey50"))+facet_wrap(~model+name) 为 m
最近我发现了 python 可视化库“Facets”，想知道我是否可以离线生成 html 输出。 我正在使用 chrome 浏览器和 webcomponents-lite.js不需要。 另外，我在我的
我正在测试可用在 https://www.primefaces.org/showcase/ui/overlay/dialog/loginDemo.xhtml 的 PrimeFaces 示例.我在 Ec
我想在solr响应的过滤查询（fq）中传递逗号分隔的值，当前，当我想传递多个类别时，我使用OR运算符。 像这样fq = categoryId：3 OR categoryId：55 OR categor
我有以下 Elasticsearch 映射 { "mappings": { "hotel": { 'properties': {"name": {
我正在尝试从 solr 获取字段的唯一值。我已经使用facet来获取字段值。我的方面查询参数看起来像 - SolrQuery query = new SolrQuery();
我是一名优秀的程序员,十分优秀！