r - 从大 `sapply` 中的错误中解脱出来

Question

这个问题可能会或可能不会受到我失去整个 3 小时地理编码运行的启发，因为其中一个值返回了错误。提示可惜(向下)投票。

基本上，在 sapply 调用的函数中返回了一个错误。 .我有 options(error=recover)上，但是尽管浏览了我可以使用的每个级别，我还是找不到任何地方可以将(数千次成功)调用 FUN 的结果存储在内存中。

我在浏览时发现的一些对象在我试图检查它们时出错，声称引用不再有效。不幸的是，我丢失了特定的错误消息。

这是一个快速示例，虽然它没有复制引用错误(我怀疑这与消失的环境有关并且可能无关紧要)，但确实表明我看不到保存已处理数据的方法。

有这样的技术吗？

请注意，我已经意识到我的错误，并通过 try 插入了比以前更强大的错误处理。 ，但我正在寻找一种方法来恢复内容 事后而不是事前。

测试功能

sapply( seq(10), function(x) {
  if(x==5) stop("Error!")
  return( "important data" )
} )

互动探索

> sapply( seq(10), function(x) {
+   if(x==5) stop("Error!")
+   return( "important data" )
+ } )
Error in FUN(1:10[[5L]], ...) : Error!

Enter a frame number, or 0 to exit   

1: sapply(seq(10), function(x) {
    if (x == 5) 
        stop("Error!")
    return("important data")
})
2: lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
3: FUN(1:10[[5]], ...)

Selection: 3
Called from: FUN(1:10[[5L]], ...)
Browse[1]> ls()
[1] "x"
Browse[1]> x
[1] 5
Browse[1]> 
Enter a frame number, or 0 to exit   

1: sapply(seq(10), function(x) {
    if (x == 5) 
        stop("Error!")
    return("important data")
})
2: lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
3: FUN(1:10[[5]], ...)

Selection: 2
Called from: lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
Browse[1]> ls()
[1] "FUN" "X"  
Browse[1]> X
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
Browse[1]> FUN
function(x) {
  if(x==5) stop("Error!")
  return( "important data" )
}
Browse[1]> 
Enter a frame number, or 0 to exit   

1: sapply(seq(10), function(x) {
    if (x == 5) 
        stop("Error!")
    return("important data")
})
2: lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
3: FUN(1:10[[5]], ...)

Selection: 1
Called from: sapply(seq(10), function(x) {
    if (x == 5) 
        stop("Error!")
    return("important data")
})
Browse[1]> ls()
[1] "FUN"       "simplify"  "USE.NAMES" "X"        
Browse[1]> X
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
Browse[1]> USE.NAMES
[1] TRUE
Browse[1]> simplify
[1] TRUE
Browse[1]> FUN
function(x) {
  if(x==5) stop("Error!")
  return( "important data" )
}
Browser[1]> Q

需要明确的是，我希望找到的是向量:

[1] "important data" "important data" "important data" "important data"

也就是说，到此为止的内部循环的结果。

编辑:使用 C 代码更新

内 .Internal(lapply())是 following code :

PROTECT(ans = allocVector(VECSXP, n));
...
for(i = 0; i < n; i++) {
   ...
   tmp = eval(R_fcall, rho);
   ...
   SET_VECTOR_ELT(ans, i, tmp);
}

我要到 ans任何调用 lapply 时失败。

Answer 1

我很难理解为什么会出现 try()这不是要走的路吗？如果sapply()无论出于何种原因失败，那么你

想很好地处理那个失败

从那里继续

为什么您希望整个数据分析/处理步骤仅因出现错误而停止？这就是你的提议。与其尝试恢复已经完成的工作，不如编写您的代码，让它继续运行，记录发生的错误，同时优雅地进入流程的下一步。

这有点令人费解，因为你给出的例子是人为的(如果你知道什么会导致错误，你可以在没有 try() 的情况下处理它)，但请耐心等待:

foo <- function(x) {
    res <- try({
        if(x==5) {
            stop("Error!")
        } else {
            "important data"
        }
    })
    if(inherits(res, "try-error"))
        res <- "error occurred"
    res
}

> sapply( seq(10), foo)
Error in try({ : Error!
 [1] "important data" "important data" "important data" "important data"
 [5] "error occurred" "important data" "important data" "important data"
 [9] "important data" "important data"

在后台运行需要数周才能在我的工作站上完成的作业后，我很快学会了编写大量 try()围绕单个语句而不是大块代码调用，这样一旦发生错误，我就可以快速退出该迭代/步骤，而对正在运行的作业的影响最小；换句话说，如果某个特定的 R 调用失败，我会返回一些会插入 sapply() 返回的对象中的东西。 (或任何功能)很好。

对于更复杂的事情，我可能会使用 lapply() :

foo2 <- function(x) {
    res <- try({
        if(x==5) {
            stop("Error!")
        } else {
            lm(rnorm(10) ~ runif(10))
        }
    })
    if(inherits(res, "try-error"))
        res <- "error occurred"
    res
}

out <- lapply(seq(10), foo2)
str(out, max = 1)

因为您将需要列表而不是尝试将更复杂的对象简化为简单的对象:

>     out <- lapply(seq(10), foo2)
Error in try({ : Error!
> str(out, max = 1)
List of 10
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ : chr "error occurred"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"

也就是说，我可能会通过 for() 完成此操作。循环，在我迭代时填充一个预先分配的列表。