R 和 Knitr/HTML - 处理需要很长时间才能运行的脚本

Question

我正在记录一些代码，供其他学生阅读，而 knitr 似乎是一个很好的方法。困扰我的一点是，对于需要长时间运行的脚本，我的方法效率不高。

假设我有类似的东西

<!--begin.rcode example1, fig.width=8, fig.height=10
input <- data[,c("K12","K23","delta")]
output <- data[,"Class"]
startTime <- proc.time()
result <- C5.0(input, output)
totalTime <- proc.time()-startTime
cat("Execution time: ", totalTime[3], "\n")
plot(result)
result
end.rcode-->

这会根据名为 data 的数据框创建、绘制和打印决策树。我想在单个 .Rhtml 文档中有几个这样的 block ，并且在每个 block 中我会更改数据集或算法的参数。

如果数据集很大，调用C5.0会耗费一些时间。如果我将一些其他示例添加到同一个 .Rhtml 文件，我将不得不重新运行它以创建 .html 文件和图形。我一直在重复这样做，因为我想评论执行结果，为了创建 .html 文件，我需要再次编织 .Rhtml 文件，这意味着重新运行代码。

我正在寻找的是一种方法，要么告诉 knitr 它可以重用以前执行 block 的结果(看不到这样做的方法，此外，这似乎有风险且手动)或破坏 .Rhtml可以单独编织但在我需要时仍然制作整个 .html 的部分 - 更好的是，类似于 knitr 的“制作”，它只会重新运行更改的 .Rhtml 并创建单个 .html 文件。顺便说一句，如果有人知道如何从命令行编写 .Rhtml 文件，那也很有用——我使用 RStudio 是为了方便，但单个命令行命令也会有帮助。

我知道这似乎是主观的，但我并不是在寻找更好的(主观上，“我的方法比你的更好”)方法来完成任务——任何无需重新运行整个 .Rhtml 页面即可工作的方法会做的。

谢谢

Answer 1

将长时间运行的代码与 knitr 相结合的一种非常简单的方法是使用 cache选项。要使用缓存，只需添加 cache=TRUE。

我的个人经验是，您经常需要删除缓存生成的目录并进行干净的构建。