awk 数组输出行数和平均值

Question

感谢@karakfa，下面的 awk 数组导致了输出。我正在尝试将 $2 添加到数组并输出它。 $2 基本上是唯一条目出现的次数。因为我正在学习 awk 数组，所以我不知道我的尝试是否接近。

输入:

chr1:955542-955763  AGRN:exon.1 1   0
chr1:955542-955763  AGRN:exon.1 2   0
chr1:985542-985763  AGRN:exon.2 1   0
chr1:985542-985763  AGRN:exon.2 2   1

我的脚本:

awk '{k=$1 OFS $2;
    l=$2;  # Is this correct?
    s[k]+=$4; c[k]++}
  END{for(i in s)  # Is this correct?
    print i, s[i]/c[i]},
      "(lbases)"  # Is this correct?' input

当前输出:

chr1:955542-955763 AGRN:exon.1 0
chr1:985542-985763 AGRN:exon.2 0.5

期望的输出:

chr1:955542-955763 AGRN:exon.1 0   (2 bases)
chr1:985542-985763 AGRN:exon.2 0.5 (2 bases)

Answer 1

你尝试引入一个新变量是行不通的。每个数组键都需要一个计数，因此变量应该是另一个数组。但在这种情况下，您不需要添加新数组，因为数组 c 已经包含每个键的计数。

awk '{k=$1 OFS $2;
    s[k]+=$4; c[k]++}
  END{for(i in s)
    print i, s[i]/c[i], c[i] " bases" }' input

另请注意您的尝试如何不幸地在 END block 的右大括号之外设置了“基数”。

这里与问题描述不同的是，key不是$2，而是$1和$2的组合。如果您真的需要 key 只是 $2，您确实需要一个新数组，但整个事情会变得相当复杂。