r - 我从哪里开始使用 rJava？

Question

我不是 Java 程序员。我编程 R 和 C++。我有一些想要包含在 R 包中的 Java 代码。该程序的基本原理是:

从标准输入读取数据。

运行 MCMC 链。

输出到文件。

我想将它转换为 R，在那里我可以从 R 运行程序。我熟悉 Rcpp 包并习惯了它的一些便利。我从哪里开始使用 rJava 包来学习使用此代码。

具体来说，我有以下问题。

如何将数据从 R 传输到 java，例如数值向量、因子等

如何运行类的方法？

如何在包中包含 java 代码？

rJava 文档不是很有帮助。有人有这方面的教程吗？

Answer 1

有一种“简单”的方法可以做到这一点，也有一种更难的方法。我是一个简单的人，所以我倾向于简单的解决方案:

myCommand <- paste("/path/to/java", argument1, argument2, sep=" ")
system(shQuote(myCommand))

然后使用任何有意义的 R 函数读入输出文件。

更难的解决方案是编辑您的 Java 代码，使其不从 stdin 读取，而是传递一个向量或其他 Java 对象。我无法真正概括如何更改您的 Java 代码，但是如果 Java 函数最终需要提供一个向量，您可以这样做:

.jinit()
v <- .jnew("java/util/Vector")
rVector <- as.character(1:10)
addToV <- function( item ){
  v$add( item )
}
sapply(rVector, addToV)

我总是发现在 rJava 中处理类型是一件相当痛苦的事情，正如你在上面看到的。

一个可以为您节省大量时间的技巧是:当您在 rJava 中创建了一个 Java 对象时，您可以通过键入名称、美元符号，然后点击 Tab 来找出它的方法。所以使用上面创建的 v 对象输入“v$”，你应该得到这个:

1> v$
v$add(                 v$hashCode()           v$contains(            v$size()               v$elementAt(           v$capacity()           v$containsAll(         v$firstElement()       v$removeElement(       v$iterator()           v$wait()
v$get(                 v$clone()              v$isEmpty()            v$toArray()            v$remove(              v$ensureCapacity(      v$removeAll(           v$insertElementAt(     v$removeElementAt(     v$listIterator()       v$getClass()
v$equals(              v$indexOf(             v$lastIndexOf(         v$toArray(             v$elements()           v$trimToSize()         v$retainAll(           v$lastElement()        v$setElementAt(        v$listIterator(        v$notify()
v$toString()           v$clear()              v$addAll(              v$addElement(          v$set(                 v$subList(             v$copyInto(            v$removeAllElements()  v$setSize(             v$wait(                v$notifyAll()
1> v$

祝你好运，如果你有特定的障碍，一定要大喊大叫。