r - igraph:在布局算法中指定权重

Question

我发现了多个帖子(例如 here 和 here)说明了如何通过添加边缘权重来修改布局。

当我这样做的时候还是这样

require(igraph)

g <- graph.ring(10)

plot(g)

set.seed(28100)
E(g)$weight <- sample(1:10, 10, replace = TRUE)
E(g)$weight 
# [1] 4 3 4 6 2 9 5 2 9 7
l <- layout_with_fr(g, weights=E(g)$weight)

plot(g, layout=l)

使用 R version 3.2.2 和 igraph version 1.0.1 我得到了完全相同的布局。相反，我希望获得的是一种布局，其中权重较高(较低)的边缘较短(较长)。换句话说，与由低权重边连接的节点相比，由具有较高权重的边连接的节点彼此相对更近。

我做错了什么吗？

Answer 1

新的 Fruchterman-Reingold 布局实现(从 igraph 1.0.0 开始)中存在/曾经存在一个错误，导致它忽略权重。这有 already been fixed在开发版中，但好像这个版本还没有发布。您可以使用 devtools 包从 Github 安装开发版本:

devtools::install_github("gaborcsardi/pkgconfig")
devtools::install_github("igraph/rigraph")