python - 使用 Plotly Python 绘制树状图

Question

我正在尝试使用 Python 绘制树状图，最好使用 Plotly。我有一个包含各种对象聚类的数据集。我可以使用此数据集生成所需的数据或至少进行推断。但是，我不明白 create_dendrogram 的输入实际上是什么。该文档只是说它是一个 ndarray - 观察矩阵作为数组的数组。我熟悉 Numpy ndarrays，但我想知道数组必须包含什么。

更具体地说，值 X[i][j] 的意义是什么。 它似乎只是 0 和 1 之间的一个 float 。我看过 Python 的 Plotly API 文档这里 - https://plot.ly/python/dendrogram/

import plotly.plotly as py
from plotly.tools import FigureFactory as FF

import numpy as np

X = np.random.rand(10, 10)
fig = FF.create_dendrogram(X, orientation='left', labels=names)
py.iplot(fig, filename='dendrogram_with_labels')

如果有另一种更直观的方法在 Python 中获取树状图，我也很想知道。我对此很陌生，如有任何帮助，我们将不胜感激。 (如果我需要重新表述问题，请告诉我!)

Answer 1

您可以将链接函数传递给 create_dendrogram 函数。例如:

from scipy.cluster.hierarchy import linkage

...

figure = FF.create_dendrogram(
    data_array, orientation='bottom', labels=id_label_list,
    linkagefun=lambda x: linkage(data_array, 'ward', metric='euclidean')
)