r - prcomp 的自动绘图 - 更改符号

Question

我遇到了一些密谋困境，我希望你们都能为我提供一个快速简单的答案。我使用 prcomp() 运行 PCA，并首次尝试使用 ggplot 绘制它。我已经成功地制作了一个美观的图形，但是我刚刚有同事指出它目前对色盲不友好。

我使用的配色方案无法轻易更改(因为此 PCA 图需要协调许多其他图形)，因此我一直在尝试更改我的图形以包含每个组的不同符号。

我找到了另一个 post提到使用 scale_shape_manual() 添加这些符号，但是当我尝试实现它时，符号类型不会改变。它也没有给我错误，这让我不确定从哪里开始进行故障排除。

以下是每个人最喜欢的 PCA 数据集 iris 的示例:

library(ggplot2)
library(ggfortify)

df <- iris[c(1, 2, 3, 4)]
iris.pca<-(prcomp(df))

autoplot(iris.pca, data=iris, colour="Species", frame=TRUE)+
  scale_colour_manual(values=c("forestgreen","red","blue"))+
  scale_fill_manual(values=c("forestgreen","red","blue"))+
  scale_shape_manual(values=c(25,22,23))+
  theme_bw()

如果有人对如何轻松更改这些符号或其他更适合此类更改的绘图功能提出建议，我将不胜感激。

Answer 1

简单的解决方法如下(shape="Species"需要在原来的autoplot函数中加入):

library(ggplot2)
library(ggfortify)

df <- iris[c(1, 2, 3, 4)]
iris.pca<-(prcomp(df))

autoplot(iris.pca, data=iris, colour="Species", shape="Species",frame=TRUE)+
  scale_colour_manual(values=c("forestgreen","red","blue"))+
  scale_fill_manual(values=c("forestgreen","red","blue"))+
  scale_shape_manual(values=c(25,22,23))+
  theme_bw()