r - 如何生成阳性预测值 (PPV) 与各种分类截止点的关系图？

Question

我已经生成了一些分数来帮助预测某事是 (1) 还是否 (0)，假设数据包括:

scores = c(10:20)

response = c(0,0,1,0,1,0,1,1,0,1,1)

mydata = data.frame(scores, response)

我可以进行 ROC 分析，其 AUC 为 0.77:

roc(response = mydata$response, predictor = mydata$scores) 

现在，我如何准确地看到选择各种截止值时会发生什么？我想在 x 轴上设置截止值(比如 13、14、15、16、17)，在 y 轴上设置 PPV。这样做的好方法是什么？我需要什么功能/包？

Answer 1

我将根据 pROC 包给出答案*。使用 ROCR 包也可以获得类似的结果。

您想使用 coords函数，它可以在某些给定的阈值下计算几个常见的统计数据。例如，为了获得所有阈值的 PPV，您可以执行以下操作:

library(pROC)
r <- roc(response = response, predictor = scores)
coordinates <- coords(r, x = "all", input = "threshold", ret = c("threshold", "ppv"))

然后您可以绘制这些值:

plot(t(coordinates))

将 "all" 替换为感兴趣的阈值:

 coordinates <- coords(r, x = c(13, 14, 15, 16, 17), input = "threshold", ret = c("threshold", "ppv"))

_{* 免责声明:我是 pROC 包的作者。}