r - pheatmap 默认距离度量 R

Question

我需要使用函数 'pheatmap' 制作一个热图，使用 UPGMA 和 1-pearson 相关作为距离度量。我的教授声称这是默认的距离度量，尽管在我的情况下它使用“欧几里得”作为距离度量。 euclidian 和 1 - pearson 相关性相同还是他错了？如果他错了，我如何为我的热图使用正确的距离度量？

我的输入

ph=pheatmap(avgreltlog10, color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, 
name = "RdYlBu")))(100), 
kmeans_k = NA, breaks = NA, border_color = "grey60",
cellwidth = 10, cellheight=10, scale = "none", cluster_rows=TRUE,
clustering_method = "average", cutree_rows = 4, cutree_cols= 2,)

R输出

$tree_row

Call:
hclust(d = d, method = method)

Cluster method   : average 
Distance         : euclidean 
Number of objects: 65 


$tree_col

Call:
hclust(d = d, method = method)

Cluster method   : average 
Distance         : euclidean 
Number of objects: 10 

Answer 1

您可以通过在终端中键入不带 () 的函数名称轻松检查默认设置

>pheatmap

如果你这样做，你可以看到欧几里得被用作默认值:

... clustering_distance_rows = "euclidean", clustering_distance_cols = "euclidean", clustering_method = "complete", ...

要使用 1-pearson 相关，只需将其指定为:

cluster_rows = TRUE,
clustering_distance_rows = "correlation"

它之所以有效是因为，再一次，如果您深入研究代码，您会看到它调用了 cluster_mat，它执行以下操作:

cluster_mat = function(mat, distance, method){
...
    if(distance[1] == "correlation"){
        d = as.dist(1 - cor(t(mat)))
    }
...

更多信息在 official document .周围有很多包，混在一起的情况并不少见:)