r - 在 R markdown 中外部化配置文件和函数

Question

我无法理解在 R 笔记本中外部化代码的不同方法之间的(实际)差异。引用了之前的questions或到 documentation , 目前还不清楚采购外部 .R 文件或 read_chunk() 它们的区别。出于实际目的，让我们考虑以下内容:

1. 我想用外部 config.R 文件加载库:据我所知，最直观的方法似乎是将 config.R 创建为

   library(first_package)
   library(second_package)
   ...
   

   并且，在一般的 R 笔记本中(例如，main.Rmd)这样调用它

   ```{r}
   source('config.R')
   ```
   
   ```{r}
   # use the libraries included above
   ```
   

   然而，这并不能识别包含的包，所以看起来寻找外部配置文件是没有用的。同样使用 read_chunk() 代替。因此问题是:如何在顶部包含库，以便在主 Markdown 脚本中识别它们？

2. 假设我想在外部定义全局函数，然后将它们包含在主笔记本中:按照与上面相同的方式将它们包含在外部 foo.R 文件中并包含他们在主要的。

同样，在这种情况下，read_chunk() 似乎没有完成这项工作，而 source('foo.R') 可以；文档指出前者“只评估代码，但不执行它”:什么时候曾经有人只想评估代码而不执行它？不同的情况:为什么人们会出于实际目的使用 read_chunk() 而不是 source？

Answer 1

1. This does not recognise the packages included

   在您的示例中，first_package 和 second_package 在第二个代码块的工作环境中均可用。

   尝试将 library(nycflights13) 放在 R 文件中，将 head(airlines) 放在 Rmd 文件的第二个 block 中。如果 nycflights13 包未成功加载 source，调用 knit("main.Rmd") 将失败。

   <

2. read_chunk 实际上确实实现了这一点(与 source 一起)但是他们以不同的方式进行。使用 source，您将在 source 之后直接使用全局函数(如您所见)。但是，对于 read_chunk，正如您所指出的，因为它仅评估代码，但不执行它，您需要显式执行该 block ，然后该函数才可用。 (请参阅下面的 third_config_chunk 示例。在报告中包含 third_config_chunk 的空 block 允许在后续 block 中调用全局 some_function。)

关于“只评估代码，但不执行它”，这是 R 编程的一个完整属性，称为 lazy evaluation .这个想法是您可能想要创建一些函数或模板代码，这些函数或模板代码会被读入您的 R 环境但不会在现场执行，从而允许您在评估之前修改环境/参数。这也允许您多次执行相同的代码块，而 source 将只运行一次已经提供的代码。

考虑一个示例，其中您有一个外部 R 脚本，其中包含报告中不需要的大量设置代码。可以将此文件格式化为许多“ block ”，这些 block 将使用 read_chunk 加载到工作环境中，但在明确告知之前不会进行评估。

为了使用 read_chunk() 将您的 config.R 外部化，您可以将 R 脚本编写为:

config.R

# ---- config_preamble
## setup code that is required for config.R
## to run but not for main.Rmd

# ---- first_config_chunk
library(nycflights13)
library(MASS)

# ---- second_config_chunk
y <- 1

# ---- third_config_chunk
some_function <- function(x) {
  x + y
}

# ---- fourth_config_chunk
some_function(10)

# ---- config_output
## code that is output during `source`
## and not wanted in main.Rmd
print(some_function(10))

要将此脚本与外部化方法一起使用，您需要按如下方式设置 ma​​in.Rmd:

ma​​in.Rmd

```{r, include=FALSE}
knitr::read_chunk('config.R')
```

```{r first_config_chunk}
```

The packages are now loaded.

```{r third_config_chunk}
```

`some_function` is now available.

```{r new_chunk}
y <- 20
```

```{r fourth_config_chunk}
```
## [1] 30

```{r new_chunk_two}
y <- 100
lapply(seq(3), some_function)
```
## [[1]]
## [1] 101
## 
## [[2]]
## [1] 102
## 
## [[3]]
## [1] 103

```{r source_file_instead}
source("config.R")
```
## [1] 11

如您所见，如果您要source 这个文件，将无法在执行之前修改对some_function 的调用，并且该调用会打印一个输出“11”。现在这些 block 在环境中可用，它们可以被重新调用任意次数(例如，在更改 y 的值之后)或在当前环境中以任何其他方式使用(例如new_chunk_two) 如果您不希望 R 脚本的其余部分执行，则 source 无法实现。