r - 如何使代码块依赖于 knitr/rmarkdown 中的所有先前 block ？

Question

目标

我想通过使 block 依赖于所有先前的 block 来创建可重现的数据分析。因此，如果有 3 个 block 并且我在第一个 block 中更改了某些内容，那么后续的 2 个 block 应该重新运行，以便它们反射(reflect)在输出中所做的更改。我想在文档顶部的全局 block 选项中添加这个条件，这样我就不必使用 dependson多次。

问题

如果没有修改， block 的输出不会改变，cache=TRUE .对于包含代码的 block ，我可以使用文档顶部的以下内容使它们依赖于所有以前的 block :

```{r setup, echo=FALSE}
# set global chunk options: 
library(knitr)
opts_chunk$set(cache=TRUE, autodep = TRUE)
dep_auto()
```

如果上述任何 block 发生更改，则所有后续 block 都将重新运行。但是，如果我使用 source()，这将不起作用分 block 读取 R 脚本。以下是一个示例文档:

---
title: "Untitled"
output: html_document
---
```{r setup, echo=FALSE}
# set global chunk options: 
library(knitr)
opts_chunk$set(cache=TRUE, autodep = TRUE)
dep_auto()
```


# Create Data
```{r}
#source("data1.R")
x <- data.frame(col1 = 4:10, col2 = 6:12)
x
```

# Summaries
```{r}
#source("data2.R")

median1.of.x <- sapply(x, function(x) median(x)-1)

sd.of.x <- sapply(x, sd)

plus.of.x <- sapply(x, function(x) mean(x)+1)

jj <- rbind(plus.of.x, sd.of.x, median1.of.x)

```

```{r}
jj
```

现在，如果我更改第一个 2 个 block 中的任何一个，第三个 block 在 knit 之后给出正确的输出亭。但是如果我将第一个 block 的代码放在源文件中 data1.R和文件中的第二个 block data2.R ，保持全局 block 选项与以前相同，如果我对源文件进行任何更改，它们不会正确反射(reflect)在第三 block 的输出中。例如，更改 x至 x <- data.frame(col1 = 5:11, col2 = 6:12)应该产生:

 > jj
                 col1      col2
plus.of.x    9.000000 10.000000
sd.of.x      2.160247  2.160247
median1.of.x 8.000000  9.000000 

但是使用 source()如上所述， knitr文件报告:

 jj
##                col1      col2
## mean.of.x  5.000000  9.000000
## sd.of.x    2.160247  2.160247
## minus.of.x 6.000000 10.000000 

我需要更改哪些设置才能使用 source在 knitr文档正确吗？

Answer 1

当您使用 source() , 针织 无法分析从中创建的可能对象； 针织 必须能够看到完整的源代码来分析代码块之间的依赖关系。有两种方法可以解决您的问题:

告诉第二个 block 它取决于 x 的值通过添加使用 x 值的任意 block 选项，例如```{r cache.extra = x} ;那么每当x更改，此代码块的缓存将自动失效( more info )；

让 针织 查看完整的源代码；您可以通过 block 选项 code 将源代码传递给代码块，例如```{r code = readLines('data1.R')} (与 data2.R 相同)；然后 dep_auto()应该能弄清楚x是从第一个 block 创建的，并在第二个 block 中使用，因此第二个 block 必须依赖于第一个 block 。