r - 如何将 Shiny 应用程序中的表格和绘图作为参数传递给 R Markdown？

Question

在这个 Shiny 应用程序中，用户可以上传 .csv 文件，以表格和绘图的形式获取结果。我希望能够将结果下载为 PDF 文档。

输入文件

#I created the input .csv file to be used in the app from diamonds data.frame
library(ggplot2)
df <-  diamonds[1:5000, ]
head(df)
write.csv(df, "df.csv")

应用程序

library(tidyverse)
library(shiny)
library(rmarkdown)
library(knitr)

ui <- fluidPage(
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(fileInput("file","Upload your file"), 
                 width =2),
    mainPanel(
      width = 10,
      downloadButton("report", "Download report"),
      tableOutput("table"),
      tags$br(),
      tags$hr(),
      plotOutput("plot1"), 
      tags$br(),
      tags$hr(),
      plotOutput("plot2")
    )
  )
)

server <- function(input,output){

  data <- reactive({
    file1 <- input$file
    if(is.null(file1)){return()} 
    read.csv(file1$datapath, header=TRUE, sep=',')
    })


  output$table <- renderTable({
    if (is.null(data())) { return() }

      df <- data() %>% 
      dplyr::select(cut, color, price) %>% 
      dplyr::group_by(cut, color) %>% 
      dplyr::summarise_all(funs(min(.), mean(.), median(.),max(.),sd(.), n() ))  
  })  

  table_rmd <- reactive({
    df <- data() %>% 
      dplyr::select(cut, color, price) %>% 
      dplyr::group_by(cut, color) %>% 
      dplyr::summarise_all(funs(min(.), mean(.), median(.),max(.),sd(.), n() )) 
  })

  output$plot1 <- renderPlot({
    if (is.null(data())) { return() }

    ggplot(data(), aes (x =carat, y = price, col = color))+
      geom_point()+
      facet_wrap(~cut)
    }
  )

  plot_rmd <- reactive({
   chart <- ggplot(data(), aes (x =carat, y = price, col = color))+
      geom_point()+
      facet_wrap(~cut)
   chart
  }
  )

    #https://shiny.rstudio.com/articles/generating-reports.html
    output$report <- downloadHandler(
      filename = "report.pdf",
      content = function(file) {
        tempReport <- file.path(tempdir(), "report.Rmd")
        file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

        params <- list(table1 = table_rmd(),
                       plot1 = plot_rmd())

        rmarkdown::render(tempReport, output_file = file,
                          params = params,
                          envir = new.env(parent = globalenv())
        )
      }
    )
}  


shinyApp(ui=ui, server = server)

报告.Rmd

---
title: "Dynamic report"
output: pdf_document

params:
  table1: NA
  plot1: NA

---


This is the firs plot 

```{r}
params$plot1
```

This is the first table

```{r}
kable(params$table1)
```

我尝试了不同的方法来将表格和情节从 Shiny 作为参数传递给 R Markdown，但都没有奏效。

我将非常感谢您提出的解决此问题的建议。

更新

我已经尝试过@BigDataScientist 的回答，但我收到了这个错误

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS report.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output pandoc20e043232760.tex --template "C:\PROGRA~1\R\R-35~1.2\library\RMARKD~1\rmd\latex\DEFAUL~3.TEX" --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable "geometry:margin=1in" --variable "compact-title:yes" Warning: Error in : Failed to compile C:\Users\user\AppData\Local\Temp\RtmpYvWn8M\file20e042326267.tex. See https://yihui.name/tinytex/r/#debugging for debugging tips. [No stack trace available]

这是 sessionInfo()

> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_New Zealand.1252  LC_CTYPE=English_New Zealand.1252    LC_MONETARY=English_New Zealand.1252 LC_NUMERIC=C                        
[5] LC_TIME=English_New Zealand.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] bindrcpp_0.2.2  forcats_0.3.0   stringr_1.4.0   dplyr_0.7.8     purrr_0.2.5     readr_1.3.1     tidyr_0.8.2     tibble_2.0.1    tidyverse_1.2.1 ggplot2_3.1.0  
[11] shiny_1.2.0    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tinytex_0.15.2   tidyselect_0.2.5 xfun_0.9         haven_2.0.0      lattice_0.20-38  colorspace_1.4-0 generics_0.0.2   htmltools_0.3.6  yaml_2.2.0      
[10] utf8_1.1.4       rlang_0.4.0      later_0.8.0      pillar_1.3.1     glue_1.3.0       withr_2.1.2      readxl_1.2.0     modelr_0.1.2     bindr_0.1.1     
[19] plyr_1.8.4       cellranger_1.1.0 munsell_0.5.0    gtable_0.2.0     rvest_0.3.2      evaluate_0.12    labeling_0.3     knitr_1.21       httpuv_1.4.5.1  
[28] fansi_0.4.0      broom_0.5.1      Rcpp_1.0.0       xtable_1.8-3     promises_1.0.1   scales_1.0.0     backports_1.1.3  jsonlite_1.6     mime_0.6        
[37] hms_0.4.2        digest_0.6.18    stringi_1.2.4    grid_3.5.2       cli_1.0.1        tools_3.5.2      magrittr_1.5     lazyeval_0.2.1   crayon_1.3.4    
[46] pkgconfig_2.0.2  xml2_1.2.0       rsconnect_0.8.13 lubridate_1.7.4  assertthat_0.2.0 rmarkdown_1.11   httr_1.4.0       rstudioapi_0.9.0 R6_2.3.0        
[55] nlme_3.1-137     compiler_3.5.2 

Answer 1

您可以将 R 对象作为 params 的一部分传递列出参数化 Rmd .这是常规交互式 session 中的示例(没有 Shiny)。 report.Rmd与问题中的相同。 df和 pl由一些 R 生成脚本并在您的环境中可用。然后你可以将它们包裹在 list 中并将它们传递为 params至 render .

library(rmarkdown)
library(ggplot2)

df <- head(iris)
pl <- ggplot(iris, aes(x = Sepal.Width)) + geom_histogram(color = "white")

render(
  input = "report.Rmd",
  params = list("table1" = df, "plot1" = pl),
  output_file = "rendered-from-session.pdf"
)

rendered-from-session.pdf的截图



这是否是一个好的策略是另一个问题。如果制作表格和绘图的代码与 app 相同和 Rmd ，那么最好将其放在由 app 提供的单独脚本中。和 Rmd .这样，当您想更改表格/绘图代码时，您只需要编辑一个文档。在这种情况下，您会将参数传递给绘图函数而不是绘图本身。这样做的缺点是，如果您有许多不同的图，需要许多不同的参数来跟踪。或者如果计算/绘图需要很长时间，所以你不想做两次。

回到你的 Shiny 应用程序。事实上，你的应用程序代码对我来说也适用于 Shiny。我可以制作 pdf (即使 table_rmd() 响应式(Reactive)没有明确返回 df )。因此，很可能是 pandoc 或 latex 无法确定临时文件/文件夹的位置。由于您仍在测试，我会尝试保存到已知位置而不是临时目录，以查看这是否不是某种权限问题。

你可以像这样修改你的处理程序。删除对 tempdir 的调用并提供到 report.Rmd 的完整路径至 render .您也可以尝试为 output_file 提供完整路径。 .第一种情况应该可以正常工作。在第二种情况下( "PATH/TO/OUTPUT" 而不是 file 传递给 output_file )，浏览器可能会给你一个 download错误，但 pdf 仍应使用您提供的文件名在后台呈现。

  output$report <- downloadHandler(
    filename = "report.pdf",
    content = function(file) {
      # tempReport <- file.path(tempdir(), "report.Rmd")
      # file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

      params <- list(table1 = table_rmd(),
                     plot1 = plot_rmd())

      rmarkdown::render(input = "PATH/TO/report.Rmd", 
                        output_file = file,
                        params = params,
                        envir = new.env(parent = globalenv())
      )
    }
  )

这至少可以确认您的代码正在工作，除了 tempdir()东西。如果您有选择，请在 linux 机器或 mac 上试用您的应用程序。