r - 安装 R 包时，需要时自动安装依赖项

Question

utils::install.packages似乎完全有能力安装缺少的依赖项。但是，如果由于某种原因(例如，尝试安装 DiagrammeR 、 Error: package ‘igraph’ was installed by an R version with different internals; it needs to be reinstalled for use with this R version )而没有安装正确版本的依赖项，则原始 install.packages电话就停在那里。然后我必须去手动重新安装每个有问题的依赖项。我怎样才能自动化这个？

我在 Linux 上运行 R 3.6.1。

Answer 1

在 install.packages() 中似乎没有办法强制执行此操作.相反，您可以使用 pak::pkg_install() .来自 pak::pkg_install() “升级”参数:

upgrade 
Whether to upgrade already installed packages to the latest available version. If this is 
FALSE, then only packages that need updates to satisfy version requirements, will be 
updated. If it is TRUE, all specified or dependent packages will be updated to the latest 
available version.

编辑:更仔细地阅读您的问题，听起来您可能正在使用 3.6 的 3.5 包库。如果是这种情况，我推荐 R 包 installr在版本之间升级时。它可以自动重新安装您在以前版本中拥有的所有软件包。

Edit2:下面的代码将显示哪些是建立在以前的版本上的。我会跑 install.packages(built_on_earlier_version, force = TRUE)对于这些包。

installed_packages <- as.data.frame(installed.packages())

installed_packages[as.package_version(installed_packages$Built) < as.package_version("3.6.0"),]