shell - 使用 shell() 执行多个 shell 命令的推荐方法

Question

在snakemake中，使用shell()函数执行多个命令的推荐方式是什么？

Answer 1

您可以调用shell()多次内run规则块(规则可以指定 run: 而不是 shell: ):

rule processing_step:
    input:
        # [...]
    output:
        # [...]
    run:
        shell("somecommand {input} > tempfile")
        shell("othercommand tempfile {output}")

否则，由于 run 块接受 Python 代码，您可以将命令列表构建为字符串并遍历它们:

rule processing_step:
    input:
        # [...]
    output:
        # [...]
    run:
        commands = [
            "somecommand {input} > tempfile",
            "othercommand tempfile {output}"
        ]
        for c in commands:
            shell(c)

如果在执行规则期间不需要 Python 代码，则可以在 shell 中使用三引号字符串。块，然后像在 shell 脚本中一样编写命令。对于纯 shell 规则来说，这可以说是最易读的:

rule processing_step:
    input:
        # [...]
    output:
        # [...]
    shell:
        """
        somecommand {input} > tempfile
        othercommand tempfile {output}
        """

如果 shell 命令依赖于前面命令的成功/失败，它们可以与通常的 shell 脚本操作符一起使用，如 ||和 && :

rule processing_step:
    input:
        # [...]
    output:
        # [...]
    shell:
        "command_one && echo 'command_one worked' || echo 'command_one failed'"