r - 防止 plot_ly 重新排序矩阵

Question

我最近更新了 R 和 Rstudio，自然而然地，我编写的大量脚本已损坏。

特别是导致我出现问题的一件事是下面的脚本。以前它用来输出一个热图，就像它出现在我给它制作矩阵的值的 csv 中一样。现在，后来的版本似乎改变了他们对事物的排序方式。它现在按数字升序对列及其标签进行排序，这使它们无序。如何防止它重新排列列，或指定它按照我提供的方式处理它们？

次要的美学问题并不是什么大问题。

这是代码:

library(ggplot2)
library(plotly)
library(RColorBrewer)
# Read in data
library(readr)


adjwallace <- read.csv() # see the link for the actual data http://pastebin.com/bBLs8uLt


rownames(adjwallace_recluster)[17] <- "Species" #Rename STree
names(adjwallace_recluster)[17] <- "Species"


# Preferences for xaxis
font.pref <- list(
  size = 20,
  family = "Arial, sans-serif",
  color = "black"
)

x.axisSettings <- list(
  title = "",
  zeroline = FALSE,
  showline = FALSE,
  showticklabels = TRUE,
  tickfont = font.pref,
  showgrid = TRUE
)

# Preferences for yaxis
y.axisSettings <- list(
  title = "",
  zeroline = FALSE,
  showline = FALSE,
  showticklabels = TRUE,
  tickfont = font.pref,
  showgrid = TRUE
)

margins <- list(
  l = 50,
  r = 10,
  b = 50,
  t = 10,
  pad = 1
)

# Plot graph as a heatmap
p <-plot_ly(z = ~data.matrix(adjwallace),
        colors = "YlOrRd",
        name = "Adjusted Wallace Coefficients",
        x = names(adjwallace),
        y = names(adjwallace),
        colorbar = list(title = "Adjusted Wallace <br> Coefficient", titlefont = font.pref),
        type = "heatmap") %>%
        layout(xaxis=x.axisSettings,
         yaxis=y.axisSettings,
         plot_bgcolor='rgba(0,0,0,0)',
         paper_bgcolor='rgba(0,0,0,0)',
         margin = margins
          )
p

以及此代码用于生成的图像(注意 x 和 y 轴排序):


脚本现在生成:

Answer 1

新旧热图中的值实际上相同；您的标签只是被重新排序。这是当前版本的 plotly 的奇怪行为(我会让其他人决定是否称其为“错误”)。轴标签按字母顺序重新排序。这是一个 MWE，清楚地显示了它:

dat <- matrix(c(1,2,3), nrow = 30, ncol = 30)
dimnames(dat) <- list(rownames(dat, FALSE, "r"), 
                      colnames(dat, FALSE, "c"))
plot_ly(z=dat, x=colnames(dat), y = rownames(dat),
        type = "heat map")

由于当前版本的 plotly 中的这种行为，我建议改用 ggplot2。事实上，您可以用更少的行数得出原始图，如下所示:

adjwallaceX <- melt(t(as.matrix(adjwallace)))
ggplot(data = adjwallaceX, aes(x = Var1, y = Var2)) +
    geom_tile(aes(fill = value)) +
    coord_equal() +
    scale_fill_gradientn(colours = rev(brewer.pal(9,"YlOrRd"))) +
    labs(fill='Adjusted Wallace Coefficient') +
    theme(axis.title.x=element_blank(),
        axis.title.y=element_blank(),
        axis.text.x=element_text(angle = 315, hjust = 0))

link to new plot