r - 带有facet_wrap的ggplot boxplot中没有异常值

Question

我想用ggplot绘制没有异常值的框线图，只关注框线和晶须

例如：

p1 <- ggplot(diamonds, aes(x=cut, y=price, fill=cut))
p1 + geom_boxplot() + facet_wrap(~clarity, scales="free")

给出带有异常值的多面箱线图



我可以使用outlier.size = NA抑制异常值：

p1 <- ggplot(diamonds, aes(x=cut, y=price, fill=cut))
p1 + geom_boxplot(outlier.size=NA) + facet_wrap(~clarity, scales="free")

这使



此处，y轴比例尺与原始图中的比例尺相同，只是没有出现异常值。现在如何根据晶须的末端在每个面板上修改比例以“放大”？

我可以这样重置ylim

ylim1 = boxplot.stats(diamonds$price)$stats[c(1, 5)]

然后重新绘制

p1 + geom_boxplot(outlier.size=NA) 
   + facet_wrap(~clarity, scales="free") 
   +  coord_cartesian(ylim = ylim1*1.05)

但这在各个方面都行不通：



有没有办法“ facet_wrap” boxplots.stats函数？

编辑：

我尝试动态计算箱线图统计信息，但这似乎不起作用。

give.stats <- function(x){return(boxplot.stats(x)$stats[c(1,5)])}

p1 + geom_boxplot(outlier.size=NA) + 
  facet_wrap(~clarity, scales="free") + 
  coord_cartesian(ylim = give.stats)

> Error in min(x, na.rm = na.rm) : invalid 'type' (list) of argument

任何更多的想法将不胜感激。

Answer 1

可以使用stat_summary和自定义统计信息计算功能来完成：

calc_boxplot_stat <- function(x) {
  coef <- 1.5
  n <- sum(!is.na(x))
  # calculate quantiles
  stats <- quantile(x, probs = c(0.0, 0.25, 0.5, 0.75, 1.0))
  names(stats) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
  iqr <- diff(stats[c(2, 4)])
  # set whiskers
  outliers <- x < (stats[2] - coef * iqr) | x > (stats[4] + coef * iqr)
  if (any(outliers)) {
    stats[c(1, 5)] <- range(c(stats[2:4], x[!outliers]), na.rm = TRUE)
  }
  return(stats)
}

ggplot(diamonds, aes(x=cut, y=price, fill=cut)) + 
    stat_summary(fun.data = calc_boxplot_stat, geom="boxplot") + 
    facet_wrap(~clarity, scales="free")

统计信息计算功能是通用的，因此在绘制之前无需进行数据处理。

也可以将晶须设置为10％和90％：

calc_stat <- function(x) {
  coef <- 1.5
  n <- sum(!is.na(x))
  # calculate quantiles
  stats <- quantile(x, probs = c(0.1, 0.25, 0.5, 0.75, 0.9))
  names(stats) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
  return(stats)
}

ggplot(diamonds, aes(x=cut, y=price, fill=cut)) + 
    stat_summary(fun.data = calc_stat, geom="boxplot") + 
    facet_wrap(~clarity, scales="free")