RStudio 显示不同的 $PATH 变量

Question

可能duplicate问题，但我不知道RStudio的启动过程来判断问题是否相同。我在 Linux 上使用 RStudio Desktop v0.99.442。从 RStudio 内的控制台，我运行

system("echo $PATH")
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games

然而，我真正的 $PATH (当我从控制台中看到 echo $PATH 时我看到)上面有很多其他程序，我希望能够使用 R 中的 system() 调用它们。例如，在我的 .bashrc 中，我附加了 tabix至 $PATH .

奇怪的是，当我从控制台中的 R session 运行相同的命令时，我得到

system("echo $PATH")
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix

哪个是对的。因此，RStudio 中的 R session 和控制台中的 R session 是有区别的。它们不加载相同的环境变量。如何让 RStudio 使用正确版本的 $PATH？

Answer 1

我通过将 PATH 添加到 ~/.Renviron 解决了这个问题(在 MAC 上)
你可以运行这个:

$ touch ~/.Renviron | R_PATH="PATH=$PATH" | echo $R_PATH >  ~/.Renviron

并重新启动 Rstudio。现在你应该在这两种情况下都有相同的 $PATH 。