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imagej - 从终端运行 fiji/imagej 宏

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 00:42:17 39 4
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我在 fiji/imagej 中制作了一个宏,我想通过终端在 shell 脚本中激活它。就目前而言,宏不需要任何输入,我只想让斐济在从终端激活时运行宏,并将其输出保存在输出文件夹中。宏的脚本如下所示:

input =  "/Users/matsboh/Documents/PhD/Experiment/Image analyses/Raw/";
output = "/Users/matsboh/Documents/PhD/Experiment/Image analyses/Results/";

setBatchMode(true);
list = getFileList(input);
for (i = 1; i == list.length; i++){

var im = i;

name = "raw_" + im + ".jpg";
dir_name = input + name;

open(dir_name);


run("Subtract Background...", "rolling=50 light");
run("8-bit");

run("Make Binary");

name = "results_" + im + ".csv";
dir_name = output + name;

run("Analyze Particles...", "size=100-20000 show=Nothing display clear");
saveAs("Measurements", dir_name);
close();

}

如果这是可能的,我将如何进行?

干杯,

垫子

最佳答案

在 OS X 上:

/Applications/Fiji.app/Contents/MacOS/ImageJ-macosx --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

在 Windows 上:

%USERPROFILE%\Fiji.app\ImageJ-win64.exe --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

在 Linux 上:

~/Fiji.app/ImageJ-linux64 --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

就我个人而言,我喜欢将我的 ImageJ 安装启动器的完整路径别名为 imagejfiji,这样我就可以输入:

imagej --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

当然,如何使用别名也取决于您的操作系统。

参见 Headless有关从控制台运行宏和脚本的更多详细信息,请访问 ImageJ wiki 页面。

关于imagej - 从终端运行 fiji/imagej 宏,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/28770970/

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