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删除名为 "NA"的列

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 00:41:09 25 4
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我正在处理一些 RNA-seq 计数数据,我有大约 60,000 列包含基因名称和 24 行包含样本名称。当我进行一些基因名称转换时,我留下了一堆名为 NA 的列。 .我知道 R 处理 NA与典型的列名不同,我的问题是如何删除这些列。这是我的数据的一个例子。

  "Gene1"  "Gene2"  "Gene3"  NA  "Gene4"
1 10 11 12 10 15
2 13 12 50 40 30
3 34 23 23 21 22

我希望它最终像
  "Gene1"  "Gene2"  "Gene3"  "Gene4"
1 10 11 12 15
2 13 12 50 30
3 34 23 23 22

我确实确定了一些对其他人有效但对我无效的 R 代码

df<-df[, grep("^(NA)", names(df), value = TRUE, invert = TRUE)]

最佳答案

看起来你有一个真实的 NA在你的名字中,而不是 "NA" .前者代表一个缺失值,后者是一个字符串,看起来像代表缺失值的符号。用:

df <- df[!is.na(names(df))]

插图 iris :
> head(iris)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
> names(iris)[2:3] <- NA
> head(iris)
Sepal.Length NA NA Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
> head(iris[!is.na(names(iris))])
Sepal.Length Petal.Width Species
1 5.1 0.2 setosa
2 4.9 0.2 setosa
3 4.7 0.2 setosa
4 4.6 0.2 setosa
5 5.0 0.2 setosa
6 5.4 0.4 setosa

关于删除名为 "NA"的列,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/30743304/

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