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r - CRAN 包取决于 Bioconductor 包安装错误

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 00:27:49 24 4
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我管理描述文件的依赖、建议和导入。最后我将我的包裹提交给 CRAN .但是在安装包的时候,它只安装存放在CRAN下的包。不适用于 bioconductor包。此外,它有一个 Mac OS 的包依赖错误:
check log for Mac OS

可能是什么问题?我怎么能修好呢?

亲切的问候,

最佳答案

install.packages()没有任何机制可以在 R 中默认从 Bioconductor 安装(至少不是默认情况下,我没有检查 BioC 是否具有 repo 基础设施以允许它在正确调用时)。 [请参阅 Martin Morgan 的评论(下方),其中可以找到有关如何配置 R 以便 install.packages() 的说明。可以从 Bioconductor 存储库安装。]

要安装 Bioconductor 软件包,通常会执行以下操作:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")

这需要独立于 install.packages() 完成.

Mac OS X 检查的错误可能是该特定服务器上的配置错误。正如@DWin 所说,您应该与 CRAN 一起解决这个问题,以找出该特定问题的根源。据我所知,CRAN 应该安装了所有 Bioconductor 软件包。

关于r - CRAN 包取决于 Bioconductor 包安装错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/14343817/

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