regex - 带变量的 AWK 负正则表达式

Question

我在 bash 脚本中使用 awk 来比较两个文件以获取不匹配的行。我需要将第二个文件的所有三个字段(作为一个模式？)与第一个文件的所有行进行比较:

第一个文件:

chr1    9997    10330   HumanGM18558_peak_1     150     .       10.78887        18.86368        15.08777        100
chr1    628885  635117  HumanGM18558_peak_2     2509    .       83.77238        255.95094       250.99944       5270
chr1    15966215        15966638        HumanGM18558_peak_3    81      .       7.61567 11.78841        8.17169 200

第二个文件:

chr1 628885 635117
chr1 1250086 1250413
chr1 16613629 16613934
chr1 16644496 16644800
chr1 16895871 16896489
chr1 16905126 16905616

目前的思路是在一个数组中加载一个文件，使用AWK的负正则表达式进行比较。

readarray a < file2.txt
for i in "${a[@]}"; do
awk -v var="$i" '!/var/' file1.narrowPeak | cat > output.narrowPeak
done

问题是 '!/var/' 不能使用变量。

Answer 1

单独使用 awk:

$ awk 'NR==FNR{a[$1,$2,$3]; next} !(($1,$2,$3) in a)' file2 file1
chr1    9997    10330   HumanGM18558_peak_1     150     .       10.78887        18.86368        15.08777        100
chr1    15966215        15966638        HumanGM18558_peak_3    81      .       7.61567 11.78841        8.17169 200

• NR==FNR 这仅适用于第一个文件，在此示例中为 file2
• a[$1,$2,$3] 根据前三个字段创建键，如果两个文件之间的间距完全相同，您可以简单地使用 $0 而不是$1,$2,$3
• next 跳过剩余命令并处理下一行输入
• ($1,$2,$3) in a 检查 file1 的前三个字段是否作为键出现在数组 a 中。然后反转条件。

这是另一种写法(感谢 Ed Morton)

awk '{key=$1 FS $2 FS $3} NR==FNR{a[key]; next} !(key in a)' file2 file1