r - R 如何从 geotiff - R Raster 包中读取 nodatavalue 标签

Question

我遇到了一个不寻常的结果，在 R 中栅格没有数据值。下面的代码——我有一个没有导入数据值的栅格 (-9999)。 QGIS 读取无数据值，arcgis 也是如此。 R，当它读入 geotiff 时，将 nodata 值分配给 -INF。

我不知道为什么。但我决定尝试从头开始制作一个 - 结果相同。我的过程有什么问题？如何确保 R 正确读取无数据值？

注意:我下面的示例是创建的栅格/geotiff。但我实际上是在导入一个组织生产的相当大的 geotiffs。所以我无法控制它们的编写方式，但如果需要，我可以要求他们调整标签。

library(raster)
#create a raster from the matrix
myRaster1 <- raster(nrow=4, ncol=4)

#assign some random data to the raster
myRaster1[]<- 1:ncell(myRaster1)

myRaster1[5] <- -9999

#ensure the data have some decimals
myRaster1[2] <- 34.5

#assign no data value to raster
myRaster1@file@nodatavalue <- -9999

#make sure it worked
NAvalue(myRaster1)
myRaster1@file@nodatavalue

#view attributes of the raster
myRaster1


#write out raster
#write the geotiff - change overwrite=TRUE to overwrite=FALSE if you want to make sure you don't overwrite your files!
writeRaster(myRaster1,"newDel.tif","GTiff", overwrite=TRUE)


#import raster
newr <- raster("newDel.tif")
newr@file@nodatavalue

感谢您提供有关 R 如何从 geotiff 导入标签的任何建议/解释。

Answer 1

感谢您创建了一个可重现的示例，但您创建的示例可能不是最有帮助的。为槽(@ 后面的名称)赋值是不“合法”的。除非您对 Raster 对象有深入的了解，否则您应该使用用户界面(函数、方法)。所以，永远不要这样做:

myRaster1@file@nodatavalue <- -9999

该槽中的值仅供内部使用；并且仅与从磁盘获取值的对象相关。同样，

newr@file@nodatavalue
# [1] -Inf

并不意味着 "newDel.tif" 中的 NA 值以这种方式存储。

要在写入时设置特定值，请使用 writeRaster 中可用的选项。

现在，您的问题似乎是您的文件的值为 -9999，应该被视为 NA，但不知何故这并没有发生。奇怪的是它会在 QGIS 中工作，因为使用了相同的信息和相同的底层软件 (GDAL)。但这是您可以如何处理的方法:

创建一个 geotiff 文件，其值 -9999 未被识别为 NA

library(raster)
r <- raster(nrow=5, ncol=5)
values(r) <- 1:25
r[1:5] <- -9999
writeRaster(r, 'test.tif', overwrite=TRUE)

您的情况:

x <- raster('test.tif')
plot(x)

这可能会解决它:

NAvalue(x) <- -9999
plot(x)