r - 如何获得R中系统发育树的节点顺序？

Question

我使用 R 包 ggtree 绘制了系统发育树，我需要知道提示的顺序，以便我可以将它与每个提示的特定信息结合起来。当然我可以手动记录顺序，但是我有很多这样的树。更重要的是，与 TreeMap 中显示的顺序相比，tr$tip.label 为我提供了不同的节点顺序。

我需要一些 R 脚本，它们可以从系统发育树对象中获取正确的提示顺序，这在 R 绘制树时应该是相同的顺序。

树:

tr$tip.label 给出:

"seq6" "seq16" "seq12" "seq34" "seq5" "seq35" "seq41" "seq19" "seq22" "seq54" "seq7" "seq26" "seq9" "seq14" "seq4" "seq8" "seq33" "seq11" "seq2" "seq13" "seq45" "seq42" "seq50" "seq3" "seq18" "seq29" "seq52" "seq53" "seq32" "seq21" "seq38" "seq51" "seq24" "seq47" "seq48" "seq43" "seq39" "seq23" "seq28" "seq1" "seq25" "seq40" "seq46" "seq36" "seq15" "seq49"

我想要的:

每个树尖都与一条具有特定颜色的线对齐。

Answer 1

> library(ggtree)
> set.seed(123)
> tr = rtree(15)
> d=fortify(tr)
> dd = subset(d, isTip)
> dd$label[order(dd$y, decreasing=TRUE)]
 [1] "t5"  "t8"  "t4"  "t10" "t12" "t1"  "t2"  "t3"  "t11" "t13" "t9"  "t6" 
[13] "t14" "t7"  "t15"

这里是获取与其位置对应的提示标签的示例。