r - 如何使用大矩阵制作热图？

Question

我有一个 1000*1000 的矩阵(它只包含整数 0 和 1)，但是当我尝试制作热图时，由于它太大而发生错误。

如何使用如此大的矩阵创建热图？

Answer 1

我可以相信热图至少需要很长时间，因为 heatmap做了很多花哨的事情，需要额外的时间和内存。使用 dat来自@bill_080 的例子:

## basic command: 66 seconds
t0 <- system.time(heatmap(dat))
## don't reorder rows & columns: 43 seconds
t1 <- system.time(heatmap(dat,Rowv=NA))
## remove most fancy stuff (from ?heatmap): 14 seconds
t2 <- system.time( heatmap(dat, Rowv = NA, Colv = NA, scale="column",
             main = "heatmap(*, NA, NA) ~= image(t(x))"))
## image only: 13 seconds
t3  <- system.time(image(dat))
## image using raster capability in R 2.13.0: 1.2 seconds
t4 <- system.time(image(dat,useRaster=TRUE))

您可能需要考虑从热图中真正想要什么——即，您是否需要花哨的树状图/重新排序的东西？