r - R中邻居的空间数据/计算指标

Question

我有 (xBin, yBin, value) 形式的 2D 空间数据。例如:

DT = data.table(x=c(rep(1,3),rep(2,3),rep(3,3)),y=rep(c(1,2,3),3),value=100*c(1:9))

对于每个箱，我想计算所有相邻箱的变量“值”之和。如果一个 bin 的两个索引 - x 和 y 都在当前 bin 的一个单位内，则该 bin 被视为邻居

例如对于 x=2, y=2，我要计算

valueNeighbors(x=2,y=2) = value(x=1,y=1)+value(1,2)+value(1,3)
+value(2,1)+value(2,3)
+value(3,1)+value(3,2)+value(3,3)

我的真实数据有 ~1,000^2 个 bin，我怎样才能有效地做到这一点？

Answer 1

也许有光栅

X <- matrix(1:20, 4)
r <- raster(X)
r
agg <- as.matrix(focal(r,matrix(1,3,3),sum, pad = T, padValue = 0))
agg

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]   14   33   57   81   62
[2,]   24   54   90  126   96
[3,]   30   63   99  135  102
[4,]   22   45   69   93   70

对于大型数据集，哪种方法更快？

X <- matrix(1:1000000, 1000)
S <- matrix(NA, nrow(X), ncol(X))
r <- raster(X)

system.time(
as.matrix(focal(r,matrix(1,3,3),sum, pad = T, padValue = 0))
)
user  system elapsed 
0.39    0.08    0.47 

对于 1000x1000 矩阵，我无法使用 Winsemius 提出的解决方案(Win 7 x64 8GB RAM)在合理的时间内得到结果