r - Newman 图的模块化聚类

Question

我有兴趣经营 Newman 的modularity大图上的聚类算法。如果您可以将我指向实现它的库(或 R 包等)，我将不胜感激。

最好的
~拉拉

Answer 1

使用 R 的 igraph 包:
http://igraph.sourceforge.net/doc/R/fastgreedy.community.html
这实现了一种使用 newman-girvan 模块化最大化方法的快速社区发现算法。

您的代码将如下所示:

library(igraph)
# read graph from csv file
G<-read.graph("edgelist.txt", format="ncol")
fgreedy<-fastgreedy.community(G,merges=TRUE, modularity=TRUE)
memberships <-community.to.membership(G, fgreedy$merges, steps=which.max(fgreedy$modularity)-1)
print(paste('Number of detected communities=',length(memberships$csize)))
# Community sizes:
print(memberships$csize)
# modularity:
max(fgreedy$modularity)