r - $R_LIBS_USER下如何快速复制/更新本地库？

Question

假设

我安装的R版本是3.3.1；

我的环境变量 $R_LIBS_USER设置为 $HOME/my/R_lib/%V ;和

我有一个目录 $HOME/my/R_lib/3.3.1包含我随着时间的推移安装的大量软件包。

现在我想将我的 R 版本升级到 3.4.1，比如说。

我正在寻找一种方便的方法来在新目录下安装新的软件包集合 $HOME/my/R_lib/3.4.1那是我目前在 $HOME/my/R_lib/3.3.1 下拥有的库的“等效版本 3.4.1” .

(IOW，我正在寻找一种类似于使用 Python 的 pip 安装程序的“卡住”选项所能做的功能，本质上，它产生了将来必须给安装程序以重现当前安装的输入。 )

Answer 1

您可以使用功能 installed.packages为此目的。即:

installed.packages(lib.loc = "$HOME/my/R_lib/3.3.1")

返回的对象包含大量信息(每个包 DESCRIPTION 文件中的大多数字段)，但包的名称在第一列中。所以像下面这样的东西应该可以解决问题:

inst <- installed.packages(lib.loc = "$HOME/my/R_lib/3.3.1")
install.packages(inst[,1], lib="$HOME/my/R_lib/3.4.1", dependencies=FALSE)

要回答评论中的其他问题:

如果您的旧库包含来自 CRAN 以外的其他来源的包，您将不得不根据 DESCRIPTION 的内容做一些练习。文件，因此将取决于包作者对其进行记录的程度。
参数 field在 installed.packages允许您从这些文件中选择一些附加字段。确定包来源的相关字段是字段 Repository , URL和 Maintainer .以下是有关如何将它们分开的一些想法:

CRAN 与非 CRAN:

inst <- installed.packages(lib.loc = "$HOME/my/R_lib/3.3.1", 
                           fields=c("URL","Repository","Maintainer"))
inst <- as.data.frame(inst, row.names=NA, stringsAsFactors=FALSE)
cran <- inst[inst$Repository%in%"CRAN",]
non_cran <- inst[!inst$Repository%in%"CRAN" & !inst$Priority%in%"base",]

生物导体包:

bioc <- inst[grepl("Bioconductor",inst$Maintainer),]
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(pkgs=bioc$Packages)

Github 软件包:

git <- non_cran[grepl("github", non_cran$URL),]
install.packages("devtools")
library(devtools)
for(i in seq(nrow(git))){
    install_github(repo=gsub("http://github.com/","",git$URL[i]))
}