r - 在 knitr/rmarkdown 中绘制为 png

Question

下面的 Rmarkdown 在 HTML 中呈现可绘制的 3D 图形，但不是在 PDF 中。

Testing plotly

```{r}
library(plotly)
p <- plot_ly(data=iris, x=~Sepal.Length, y=~Sepal.Width, z=~Petal.Length, 
             color=~Species, symbols=c(0,1), type="scatter3d", mode="markers")
p
```

图形的快照如下所示:



根据 plotly help page :

If you are using rmarkdown with HTML output, printing a plotly object in a code chunk will result in an interactive HTML graph. When using rmarkdown with non-HTML output, printing a plotly object will result in a png screenshot of the graph.

有没有办法在 PDF 中渲染绘图？

注意:来自 rmarkdown::render() 的错误是:

Error: Functions that produce HTML output found in document targeting latex output.
Please change the output type of this document to HTML. Alternatively, you can allow
HTML output in non-HTML formats by adding this option to the YAML front-matter of
your rmarkdown file:

  always_allow_html: yes

Note however that the HTML output will not be visible in non-HTML formats.

Answer 1

我创建了一个小解决方法，它将绘图图像在本地保存为 png 文件并将其导入回 RMD 文件。
您需要这个包裹 webshot ，您可以通过以下方式加载:

install.packages("webshot")

此外，您需要通过以下方式安装phantomjs

webshot::install_phantomjs()

然后(当 phantomjs 在您的 PATH 中时)，您可以创建您的 RMD 文件:

---
title: "Untitled"
output: pdf_document
---

```{r}
library(plotly)
p <- plot_ly(economics, x = ~date, y = ~unemploy / pop)

tmpFile <- tempfile(fileext = ".png")
export(p, file = tmpFile)
```
![Caption for the picture.](`r tmpFile`)

这对我有用..也许这对你来说也是一种解决方法!