r - 使用雷达/极坐标图来描绘单个数据点

Question

这是继我之前的帖子:How to measure the area of a polygon in ggplot2?

我现在想要做的是将生成的雷达图用作完全独立的散点图中的数据点，或者可能保存对象并稍后在图表上使用它来描绘实际数据的形状。

我有很多文件，它们通常看起来像这样。它们的列数范围从 1 到许多，并且分数始终采用降序格式。即#1 总是在任何给定文件中贡献最大。

myfile
01 0.31707317
02 0.12195122
03 0.09756098
04 0.07317073
05 0.07317073
06 0.07317073
07 0.07317073
08 0.07317073
09 0.04878049
10 0.04878049

在这里，我想分别为这些文件中的每一个绘制雷达图，并获得周围没有网格的形状。 ggradar 是我发现的最接近和最好的。

ggradar(as.matrix(t(radar)), group.point.size = 2, grid.line.width = 0, grid.max = 1.0, grid.mid = 0, 
    grid.min = 0, axis.line.colour = "white", axis.label.size = 0, grid.label.size = 0, 
    centre.y = 0, background.circle.colour = "white", group.colours = "black", group.line.width = 1) 

现在，当我想将这些形状用作数据点时，问题就开始了。

@brian 善意地评论并暗示了如何解决这个问题。

R::ggplot2::geom_points: how to swap points with pie charts?

Small ggplot2 plots placed on coordinates on a ggmap

受这些评论的启发，我现在可以将绘图与文件名一起保存为一列，并使用相同的管道继续添加新文件。

  for (file in file_list){
#eliminate the empty files (they contain only the header)
if (file.size(file) > 420){
  # if the merged dataset does exist, append to it
  if (exists("dfradar")){
    radarfile <-read.table(file, header=TRUE, sep="\t")
    radarfile1 <- as.data.frame(as.numeric(radarfile[,3]))
    rownames(radarfile1) <- c(1:nrow(radarfile))
    dfradar1 <- ggradar(t(radarfile1), group.point.size = 1, grid.line.width = 0, grid.max = 1, grid.mid = 0, 
                        grid.min = 0, axis.line.colour = "white", axis.label.size = 0, grid.label.size = 0, 
                        centre.y = 0, background.circle.colour = "white", group.colours = "black", group.line.width = 0.5) + 
                    theme(legend.position = "none")      
    dfradar1 <- cbind(substring(file,11), dfradar1)
    dfradar <- rbind(dfradar, dfradar1)
  }  
  # if the merged dataset doesn't exist, create it
  if (!exists("dfradar")){
    radarfile <- read.table(file, header=TRUE, sep="\t")
    radarfile1 <- as.data.frame(as.numeric(radarfile[,3]))
    rownames(radarfile1) <- c(1:nrow(radarfile))
    dfradar <- ggradar(t(radarfile1), group.point.size = 1, grid.line.width = 0, grid.max = 1, grid.mid = 0, 
                        grid.min = 0, axis.line.colour = "white", axis.label.size = 0, grid.label.size = 0, 
                        centre.y = 0, background.circle.colour = "white", group.colours = "black", group.line.width = 0.5) + 
                theme(legend.position = "none")
    dfradar <- cbind(substring(file,11), dfradar)
    rm(radarfile)
    rm(radarfile1)
  }
} }

现在，当我想拯救这些家伙时，我做不到；我得到:

"Error in mutate_impl(.data, dots) : Evaluation error: attempt to apply non-function."

或者:

"Error in plot_clone(plot) : attempt to apply non-function"

# merge the df with another df containing all other 
# variables that I wanna use in my scatterplot
dfradar_merge <- merge(dfradar, Cases, all=FALSE)
dfradar_merge <-  dfradar_merge %>% mutate(radargrobs = list(annotation_custom(ggplotGrob(radarplots)), 
xmin = as.numeric(Gender), xmax = as.numeric(Gender)*1.2, 
ymin = as.numeric(Age) , ymax = as.numeric(Age)*1.2)))

我想如果我能把这部分弄明白并将变量作为 xmin 和 ymin 传递，我应该能够做我需要的......

任何想法都非常感谢。这让我很头疼。

Answer 1

我想出了以下想法。我使用 ggradar 包来创建图形。然后，我用 ggplot_build() 查看了图形后面的数据框。 .图形后面似乎有13个列表。我需要调查哪个列表是包含多边形数据的正确列表。我发现第 6 个列表是您想要提取并保存以备将来使用的列表。让我告诉你我做了什么。

library(dplyr)
library(ggradar)
library(scales)

# I modified the code from https://github.com/ricardo-bion/ggradar to get a graphic.

mtcars %>%
mutate_all(rescale) %>%
mutate(group = rownames(mtcars)) %>%
slice(5:9) %>%
select(1:4) -> mtcars_radar

g <- ggradar(mtcars_radar)

上面的代码生成下图。我的电脑或其他东西有问题，我没有看到完整的图形。但这不是这个问题的问题。



现在，我们希望将数据留在图形后面并寻找正确的数据。

foo <- ggplot_build(g)$data

# This is the 6th list in foo.

 $ :'data.frame':   20 obs. of  8 variables:
  ..$ colour  : chr [1:20] "#FF5A5F" "#FF5A5F" "#FF5A5F" "#FF5A5F" ...
  ..$ x       : num [1:20] 0 0.72 -0.687 0 0 ...
  ..$ y       : num [1:20] 1.111 -0.416 -0.397 1.111 0.611 ...
  ..$ group   : atomic [1:20] 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 ...
  .. ..- attr(*, "n")= int 5
  ..$ PANEL   : Factor w/ 1 level "1": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ..$ size    : num [1:20] 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 ...
  ..$ linetype: num [1:20] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ..$ alpha   : logi [1:20] NA NA NA NA NA NA ...

您想将此列表提取为数据框。我能发现这个列表的原因是我正在关注颜色信息(例如， FF5A5F )。

mydf <- foo[[6]]

    colour          x          y group PANEL size linetype alpha
1  #FF5A5F  0.0000000  1.1111111     1     1  1.5        1    NA
2  #FF5A5F  0.7203077 -0.4158698     1     1  1.5        1    NA
3  #FF5A5F -0.6868360 -0.3965450     1     1  1.5        1    NA
4  #FF5A5F  0.0000000  1.1111111     1     1  1.5        1    NA
5  #FFB400  0.0000000  0.6111111     2     1  1.5        1    NA
6  #FFB400  0.4286803 -0.2474987     2     1  1.5        1    NA
7  #FFB400 -0.2584135 -0.1491951     2     1  1.5        1    NA
8  #FFB400  0.0000000  0.6111111     2     1  1.5        1    NA
9  #007A87  0.0000000  1.1111111     3     1  1.5        1    NA
10 #007A87  0.7203077 -0.4158698     3     1  1.5        1    NA
11 #007A87 -0.4726248 -0.2728700     3     1  1.5        1    NA
12 #007A87  0.0000000  1.1111111     3     1  1.5        1    NA
13 #8CE071  0.0000000  0.1111111     4     1  1.5        1    NA
14 #8CE071  0.2467912 -0.1424850     4     1  1.5        1    NA
15 #8CE071 -0.2278119 -0.1315273     4     1  1.5        1    NA
16 #8CE071  0.0000000  0.1111111     4     1  1.5        1    NA
17 #7B0051  0.0000000  0.1111111     5     1  1.5        1    NA
18 #7B0051  0.2595364 -0.1498434     5     1  1.5        1    NA
19 #7B0051 -0.1268266 -0.0732234     5     1  1.5        1    NA
20 #7B0051  0.0000000  0.1111111     5     1  1.5        1    NA

让我们确认此数据是否再现了 ggradar 图形中的五个三角形。

gg <- ggplot(data = mydf, aes(x = x, y = y, group = group, color = factor(group))) +
      geom_path(show.legend = FALSE) +
      theme_bw()

总而言之，您要破解 ggplot 数据以提取您想要的数据。此方法允许您保存所需“形状”的数据。我希望这就是你所追求的。