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r - 如何创建一个表作为 dunn.test 输出 (R)?

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-03 23:24:58 27 4
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我正在处理细菌焦磷酸测序数据,并使用 R 进行统计分析。我有 21 个样本和 7 种不同的处理方法。我将我的数据加载到 R phyloseq 中获得:

> psR
phyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 7498 taxa and 21 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 21 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 7498 taxa by 6 taxonomic ranks ]
phy_tree() Phylogenetic Tree: [ 7498 tips and 7497 internal nodes ]

由于我发现处理之间存在统计学上的显着差异(具有 adonis 功能),我想知道哪些 OTU 在不同处理中具有不同的丰度。为此,我使用了函数 dunn.test(合并了 Kruskal-Wallis 测试),首先交换 OTU 表中的行和列以应用测试:
swap_otu_table <- t(otu_table(psR))
treatment <- c('A', 'A', 'A', 'B', 'B', 'B', 'C', 'C', 'C', 'D', 'D', 'D', 'E', 'E', 'E', 'F', 'F', 'F', 'G', 'G', 'G')
swap_otu_tableDF <- as.data.frame(swap_otu_table)
ncol(swap_otu_tableDF)
[1] 7498
lapply(swap_otu_tableDF[1:7498], function(x) kruskal.test(x ~ treatment, data=swap_otu_tableDF))

这个递归函数的输出很难阅读,尤其是对于所有 7498 个 OTU。

是否有某种方法可以以递归方式应用 Kruskal-Wallis + Dunn 检验,以提供表格作为输出,最好按重要性排序,并且不仅包含 OTU 代码,还包含包含在 tax_table(psR) 中的分类标识?

非常感谢!

莉迪亚

最佳答案

这真的很旧,但我一直在寻找这个答案,并认为我会发布以防其他人稍后偶然发现。

dunn.test 有一个内置选项,可以将输出作为列表。这就是您真正需要的,因为您可以将其转换为 data.frame 并按列排序。

下面是一些示例代码来做到这一点:

table = dunn.test(X, g, list=TRUE)
table = cbind.data.frame(table$comparisons,table$Z,table$P.adjusted)
table[order(table$`table$P.adjusted`),]

关于r - 如何创建一个表作为 dunn.test 输出 (R)?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/28627603/

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