r - 如何从R中的集群创建newick文件？

Question

下面的这个脚本运行得很好，可以很好地获取具有大量数据集的集群，但是我需要将集群放入一个 newick 文件或文本文件中，以便我可以将它从 R 导出到其他编辑程序，但我找不到方法将 hclust 转换为 newick 格式，我该怎么做？
我觉得 new2phylo 功能可以完成这项工作，但我们没有设法让它发挥作用。

我真的很感谢您的帮助，因为我们到处搜索都找不到解决方案 =(

datos <- read.table("morphclustersred.csv",header=T,sep="\t")
head(datos)
distfunc <- function(x) daisy(x,metric="gower")
d <- distfunc(datos)
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
fit <- hclustfunc(d)
plot(fit)
plot(fit, labels=datos$Species,main='Morphological Clustering')
rect.hclust(fit, k=5, border="red")

Answer 1

您可以使用 write.tree 来实现函数来自 ape包裹。尝试这个:

library(ape)
class(fit) # must be hclust class
my_tree <- as.phylo(fit) 
write.tree(phy=my_tree, file="exported_tree.newick") # look for the file in your working directory

希望这可以帮助。