mpirun 保留重定向的标准输出

Question

我在集群中运行。我试图用 4 种不同的形式运行我的可执行文件:

在串行，与

myexec

这开始在 stdout 中给出输出马上，正如预期的那样。

串行，重定向 stdout和 stderr ， 和

myexec > out-err.log 2>&1

这开始在 out-err.log 中给出输出马上，正如预期的那样(在另一个终端中用 cat out-err.log 验证)。

同时，与

mpirun -n 2 myexec

这开始在 stdout 中给出输出马上，正如预期的那样。

同时，重定向 stdout和 stderr ， 和

mpirun -n 2 myexec > out-err.log 2>&1

这将保留输出直到工作完成(由于完成或时间限制)。

在情况 4 中，有没有办法在运行时“刷新”stdout/stderr，所以我可以检查 out-err.log ?

Answer 1

这是 mpi 中重定向的已知功能/问题。
我找到了解决这个问题的方法:

添加 export OMPI_MCA_opal_event_include=poll在 ~/.bashrc , 或

添加 opal_event_include=poll在 ~/.openmpi/mca-params.conf (如果目录和/或文件不存在，则创建它们)。

用于获取信息的来源是:

https://www.cfd-online.com/Forums/openfoam-installation/162664-openfoam-2-4-0-openmpi-epoll-warning-parallel-job.html

https://github.com/open-mpi/ompi/issues/341

https://www.open-mpi.org/doc/v2.0/man1/mpirun.1.php#sect20