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r - 计算r中data.frame中的出现

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-03 23:17:23 27 4
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我有一个数据框200列,每列包含150个基因(行)。

我想计算整个数据框中每个基因的出现次数

mydat <-

V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8
1 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2
2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2
3 BMPR2 EIF5A WRAP53 WRAP53 EIF5A EIF5A EIF5A EIF5A
4 EIF5A BMPR2 EIF5A EIF5A ADAMTSL3 BMPR2 WRAP53 BMPR2
5 EIF5AL1 WRAP53 ADAMTSL3 BMPR2 BMPR2 WRAP53 BMPR2 EIF5AL1
6 WRAP53 EIF5AL1 BMPR2 ADAMTSL3 WRAP53 EIF5AL1 EIF5AL1 WRAP53
7 TBC1D5 ADAMTSL3 EIF5AL1 EIF5AL1 EIF5AL1 ADAMTSL3 ADAMTSL3 C1QTNF7
8 ADAMTSL3 C1QTNF7 C1QTNF7 C1QTNF7 FHL1 YAP1 AURKB ADAMTSL3
9 C1QTNF7 FHL1 RGS7BP LIFR C1QTNF7 TMEM43 C1QTNF7 LIFR
10 AURKB RGS5 AURKB FAM198B AURKB C1QTNF7 PSMB6 PDGFD


所以我希望输出是这样的:

occurences
TGFBR2: 8
MALM2 : 8
FHL1: 3


等。但是我想计算数据框中的每个基因。

我该怎么做呢?

最佳答案

尝试

occurences<-table(unlist(mydat))


(我分配了结果,这样您就不会获得完整的基因名称屏幕,因此 occurences["genename"]可以访问每个基因的出现)

关于r - 计算r中data.frame中的出现,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/26969166/

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