r - 追溯罕见错误

Question

我正在运行一个需要很长时间来计算的代码。我使用 foreach()%dopar% 使我的代码并行并在集群上运行。

它运行正常，但有时会崩溃，我收到以下错误:Error in { : task 4 failed - "missing value where TRUE/FALSE needed"
Calls: %dopar% -> <Anonymous>
Execution halted
现在它说执行停止，但仅针对此特定核心，因此其他核心继续运行，最后它无法输出但没有事先告诉我。
我猜这是 if 的问题陈述。我尝试在我的电脑上模拟代码，但它太罕见了，我无法模拟它。

该代码可以轻松运行 100 小时，执行多达 100 000 次循环，其中只有一次会失败。

我的问题是:我可以回溯错误的位置吗？ (我在集群上运行代码，所以我没有所有好的 Rstudio 东西)
另外，是否仍然可以从 foreach() 输出？即使其中一项任务崩溃也循环？
或者也许人们使用任何方法来使我的计算机发生崩溃？

如果需要，我可以编写代码，请询问是否有帮助。

Answer 1

foreach ".errorhandling"参数旨在帮助解决这种情况。如果您希望 foreach 传递错误，请使用 .errorhandling="pass" .如果您希望它过滤掉错误(这会减少结果的长度)，请使用 .errorhandling="remove" .默认值是“stop”，它会抛出一个错误，指示哪个任务失败了。

不幸的是，大多数并行后端不支持回溯，但 doMPI 支持。您只需使用 verbose=TRUE 调用“startMPicluster” ，并且回溯将写入发生错误的工作人员的日志文件。这是在任务 42 上生成错误的示例:

suppressMessages(library(doMPI))
cl <- startMPIcluster(4, verbose=TRUE)
registerDoMPI(cl)
g <- function(i) {
  if (i == 42) {
    if (NULL) cat('hello, world\n')
  }
  7
}
f <- function(i) g(i)
r <- foreach(i=1:50, .errorhandling='pass') %dopar% f(i)
print(r)
closeCluster(cl)
mpi.quit()

因为它使用 .errorhandling="pass" ，脚本运行完成，在结果列表的元素 42 中返回一个错误对象。此外，其中一个日志文件包含错误的回溯(以及许多其他消息):

waiting for a taskchunk...
executing taskchunk 42 containing 1 tasks
error executing task: argument is of length zero
traceback (most recent call first):
> g(i)
> f(i)
> eval(expr, envir, enclos)
> eval(expr, envir)
> executeTask(taskchunk$argslist[[1]])
> executeTaskChunk(cl$workerid, taskchunk, envir, err, cores)
returning error results for taskchunk 42

不幸的是，doMPI 主要用于 Linux 系统，因此这对大多数 Mac 和 Windows 用户没有帮助。