r - 行尾的额外逗号导致 read.csv 和 read.table 出错

Question

我正在尝试阅读此 .csv file到 R。当我使用 read.csv 时，我要么得到与 row.names 相关的错误，要么列名与其原始列有偏移。基于 this post我相信问题与每行末尾有一个额外的逗号有关。我在对上一个问题的回答中找不到的是如何去掉行尾逗号。

我的工作是执行以下操作:

pmr <-read.csv("pubmed_result.csv", header = T, row.names = NULL)
colnames(pmr) <- c(colnames(pmr)[2:ncol(pmr)], "blank")
pmr <- pmr[1:ncol(pmr)-1]

这提供了所需的结果，但似乎有点不雅。有没有办法让 read.csv 或 read.table 忽略最后一个逗号？或者有没有办法使用gsub来修复csv？

Answer 1

您的评估是正确的，尾随 ","导致问题。准确地说，事实是您有一个尾随 ","在数据行中，但不在声明列名的行中。

如果您不想像在上面的代码中那样手动修复问题，您可以使用 readr::read_csv

library(tidyverse);
df <- read_csv("pubmed_result.csv");
df;
    ## A tibble: 375 x 11
#   Title   URL    Description  Details  ShortDetails Resource Type  Identifiers
#   <chr>   <chr>  <chr>        <chr>    <chr>        <chr>    <chr> <chr>
# 1 Myoedi… /pubm… Zhang Y, Lo… Physiol… Physiol Rev… PubMed   cita… PMID:29717…
# 2 Cullin… /pubm… Papizan JB,… J Biol … J Biol Chem… PubMed   cita… PMID:29653…
# 3 Fusoge… /pubm… Bi P, McAna… Proc Na… Proc Natl A… PubMed   cita… PMID:29581…
# 4 Correc… /pubm… Long C, Li … Sci Adv… Sci Adv.  2… PubMed   cita… PMID:29404…
# 5 Single… /pubm… Amoasii L, … Sci Tra… Sci Transl … PubMed   cita… PMID:29187…
# 6 Requir… /pubm… Shi J, Bi P… Proc Na… Proc Natl A… PubMed   cita… PMID:29078…
# 7 Consid… /pubm… Carroll KJ,… Circ Re… Circ Res.  … PubMed   cita… PMID:29074…
# 8 ZNF281… /pubm… Zhou H, Mor… Genes D… Genes Dev. … PubMed   cita… PMID:28982…
# 9 Functi… /pubm… Kyrychenko … JCI Ins… JCI Insight… PubMed   cita… PMID:28931…
#10 Defici… /pubm… Papizan JB,… J Clin … J Clin Inve… PubMed   cita… PMID:28872…
## ... with 365 more rows, and 3 more variables: Db <chr>, EntrezUID <int>,
##   Properties <chr>

这将引发一堆警告，这些警告源自缺少/附加​​的尾随“,”，在这种情况下您可以忽略它们。请注意，列名已正确分配。