Snakemake 包装器无法打开环境文件 : HTTP Error 404: Not Found

Question

当使用带有蛇形版本 5.5.2 的蛇形包装器时，如下所示:

rule bcf_to_vcf:
    input:
        "{prefix}.bcf"
    output:
        "{prefix}.vcf"
    params:
        ""  # optional parameters for bcftools view (except -o)
    wrapper:
        "0.38.1/bio/bcftools/view"

我收到以下错误:

Building DAG of jobs...
WorkflowError:
Failed to open environment file https://bitbucket.org/snakemake/snakemake-wrappers/raw/0.38.1/bio/bcftools/view/environment.yaml:
HTTPError: HTTP Error 404: Not Found

显然，包装文件在 bitbucket 上不再可用。

Answer 1

TL/DR:

使用 蛇形包装版本0.38.1及以上，您需要使用 蛇形版本5.7.0或更高。

到底是怎么回事:

Snakemake(和 snakemake-wrappers)最近从 bitbucket 迁移到 Github。这会导致snakemake 内部使用的snakemake-wrappers 存储库的路径出现一些轻微的不便。解决这个问题最简单的方法是将snakemake更新到版本5.7.0或更新。这些版本已经使用了 Github 版本的新路径。

虽然snakemake 包装器的bitbucket 存储库仍然在线，但它只包含snakemake 包装器版本0.38.0和更低。要使用更高版本的snakemake-wrappers(如上面代码中的0.38.1)，您需要一个更新版本的snakemake，它从Github 版本的snakemake-wrappers repo 中提取工作流数据。