java - 是否有类似于 PyCogent 的库，但在 Java(或 Scala)中？

Question

我正在编写一个生物进化模拟器。目前，我所有的代码都是用 Python 编写的。在大多数情况下，这很好，一切都运行良好。然而，这个过程中有两个步骤需要很长时间，我想用 Scala 重写。

第一个问题领域是序列进化。想象一下，你得到了一个系统发育树，其中包含大量蛋白质。每个分支的长度代表父子之间的进化距离。树的根以单个序列作为种子，然后使用进化模型(例如 http://en.wikipedia.org/wiki/Models_of_DNA_evolution )沿着树结构进化序列；考虑到分支长度。 PyCogent 执行此步骤需要很长时间，我相信合理的 Java/Scala 实现会快得多。您是否知道任何实现此类功能的库。我想用 Scala 编写应用程序，因此，由于互操作性，任何 Java 库都可以。

第二个问题领域是生成序列的比较。问题是，给定许多现存不同物种的一组蛋白质序列，尝试使用该序列重建与物种相关的系统发育树。这个问题本质上对计算要求很高，因为基本上必须对现存物种的所有序列进行成对比较。然而，在这里，我又一次觉得 Java/Scala 实现的执行速度明显快于 Python 实现，如果不是因为 Python 中不幸的循环速度慢的话。这部分我可以比序列进化部分更容易从头开始编写，但如果存在一个好的库，我也愿意为它使用一个库。

谢谢，罗布

Answer 1

对于第二个问题，为什么不使用现有的程序来比较序列和推断系统发育树，例如 RAxML或 MrBayes并称之为？最大似然法和贝叶斯推理是解决这些问题的非常复杂的模型，使用它们似乎比自己实现要好得多——比如最大简约法或邻接树，可能可以为这样的项目从头开始编写，不足以进行进化分析。除非你只是想要一个非常快速和肮脏的拓扑(并且通过 MP 或 NJ 推断的树通常是非常错误的)，否则你可以使用像 this 这样的东西。