R:使用 corrplot 使用圆圈的大小和颜色来可视化两个变量(例如，相关性和 p 值)

Question

我正在尝试使用 corrplot 重新创建某人的图像。这是我试图重新创建的原始图像:



我使用以下 R 代码:

corrplot(as.matrix(rgs), 
         method="circle", 
         type="upper", 
         col=brewer.pal(n=8, name="PuOr"), 
         tl.col="black", 
         tl.srt=45, 
         p.mat = as.matrix(pvalues), 
         sig.level = 0.05, 
         insig = "blank")

这给了我这个:



我的问题是我的情节中圆圈的颜色和大小是基于相关性的，但是在上面的原始图像中，圆圈的颜色是基于相关性的，而圆圈的大小是基于相关性的p 值。我在一个名为 pvalues 的不同数据框中有 p 值(我实际上在上面的代码中使用它来确定哪些圆圈应该显示，哪些不应该显示在底部 3 行中)。我的问题是:如何使颜色和大小依赖于两个不同的变量，就像它们在原始图像中所做的那样？甚至可以使用 corrplot 吗？

Answer 1

也许这个人用过ggcor ，这是一个正在开发的包。如果你这样做:

install.packages("devtools")
devtools::install_github("houyunhuang/ggcor")

library(ggplot2)
library(ggcor)

quickcor(fortify_cor(mtcars,cor.test = T), type = "upper") + 
  geom_circle2(aes(fill = r,r0 = p.value))

您可以让大小随 p 值变化

fortify_cor(mtcars,cor.test = T)

创建一个相关表，具有 p 值

# A tibble: 121 x 8
   .row.names .col.names      r  p.value upper.ci lower.ci .row.id .col.id
 * <chr>      <chr>       <dbl>    <dbl>    <dbl>    <dbl>   <int>   <int>
 1 mpg        mpg         1     0.          1       1           11       1
 2 cyl        mpg        -0.852 6.11e-10   -0.716  -0.926       10       1
 3 disp       mpg        -0.848 9.38e-10   -0.708  -0.923        9       1
 4 hp         mpg        -0.776 1.79e- 7   -0.586  -0.885        8       1
 5 drat       mpg         0.681 1.78e- 5    0.832   0.436        7       1
 6 wt         mpg        -0.868 1.29e-10   -0.744  -0.934        6       1
 7 qsec       mpg         0.419 1.71e- 2    0.670   0.0820       5       1
 8 vs         mpg         0.664 3.42e- 5    0.822   0.410        4       1
 9 am         mpg         0.600 2.85e- 4    0.784   0.318        3       1
10 gear       mpg         0.480 5.40e- 3    0.710   0.158        2       1