python - 查找图中所有不存在的连接

Question

我有一个 Pandas 数据框 边缘 两列节点 1 |
节点 2

      Node1     Node2
 0      A         B
 1      C         B
 2      C         D

这些基本上显示边缘 (A,B) | (C,B) | (C,D) 在图表中

我需要找出的是缺失边缘，即不存在 (A,D) | (B,D) | (A,C)

期望输出

      Node1     Node2
 0      A         D
 1      A         C
 2      B         D

我试过的:

我将 DataFrame 转换为 networkx 图，然后出于相同目的使用 nx.non_edges 函数(查找缺失的边)
但是由于硬件资源不足，networkx 会填满 RAM 并且笔记本电脑崩溃。
我正在尝试通过 Pandas Dataframe 查找是否有可能丢失图形的边缘，或者您可以说我需要找到图形的补充。

Answer 1

一种可能的方法如下:

查找所有长度 2节点组合

迭代它们

保留 G.edges 中未包含的组合

from itertools import combinations

G = nx.from_pandas_edgelist(df, source='Node1', target='Node2')

edge_non_present = []
edges = set(G.edges())
for possible_edge in combinations(G.nodes(), r=2):
    if possible_edge not in edges:
        edge_non_present.append(possible_edge)

print(edge_non_present)
# [('A', 'C'), ('A', 'D'), ('B', 'D')]

更新

如果由于大量节点而导致大量组合，请获取返回的生成器的一部分，并仅迭代其中的一个子集:

from itertools import islice

G = nx.from_pandas_edgelist(df, source='Node1', target='Node2')
n_comb = 100

edge_non_present = []
edges = set(G.edges())
for possible_edge in islice(combinations(G.nodes(), r=2), 0, n_comb):
    if possible_edge not in edges:
        edge_non_present.append(possible_edge)