r - 使用传递文件的a.R在命令行上调用RMarkdown

Question

总之，我在RStudio的“ input_file1.txt”上使用脚本“ Graphs.R”创建一个Rmd，然后将其编织为html。我想自动化此过程以在命令行上运行更多文件。

到目前为止，我可以使用以下命令使Rscript在命令行上运行：


Rscript Graphs.R input_file1.txt


我也知道我可以使用以下方法创建一个.RMD文件：


Rscript -e rmarkdown :: render（Graphs.R）


但是，我想执行以下操作：


Rscript -e rmarkdown :: render（'Graphs.R input_file1.txt'，'output_file.Rmd'）


有什么想法吗？

Answer 1

尚不清楚您要做什么。似乎您有一个文本文件，必须通过R脚本将其转换为Rmd（为什么它不只是Rmd开头？），然后要呈现Rmd。您可以通过在终端中运行以下命令来执行此操作：

Rscript Graphs.R
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')"

第一个命令运行 Graphs.R文件，该文件可能会生成 output_file.Rmd。第二个命令运行单线，将 output_file.Rmd编织为 output_file.html。

如果要读取R文件中的命令行参数，请尝试？ commandArgs。

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

另请参见此 Stack Overflow question。