r - 使用多个内核并行运行拉丁超立方体采样

Question

我打算使用 R 中的“clhs”包从总体(a、b、c、d……见下文)中提取代表性样本。采样过程在我的(多核)计算机上需要很长时间，所以我会喜欢并行运行采样程序(同时使用多个 CPU 内核)。

这些是我想从中抽取样本的一些(示例)数据框(“人口”):

a <- as.data.frame(replicate(1000, rnorm(20)))
b <- as.data.frame(replicate(1000, rnorm(20)))
c <- as.data.frame(replicate(1000, rnorm(20)))
d <- as.data.frame(replicate(1000, rnorm(20)))

我要运行的 clhs 代码是:

clh_a <- clhs(x=a, size=round(nrow(a)/5), iter=2000, simple=F)) # 20% of all samples should be selected
clh_b <- clhs(x=b, size=round(nrow(b)/5), iter=2000, simple=F))

等等...

并行运行此采样过程的方法是什么？或者有没有另一种有效的方式来做到这一点？

附录(非常感谢“zipfzapf”):

我试图使用“parLapply” - 不幸的是，最后，R 抛出一条错误消息说:“长度错误(x):'x'丢失”，老实说，我不明白......任何想法?

我的代码:

    library("snow")
            a <- as.data.frame(replicate(1000, rnorm(20)))
            b <- as.data.frame(replicate(1000, rnorm(20)))
            c <- as.data.frame(replicate(1000, rnorm(20)))
    d <- as.data.frame(replicate(1000, rnorm(20)))
    abcd <- list(a, b, c, d)
    cl <- makeCluster(4)
    results <- parLapply(cl,
       X = abcd,
       FUN = function(i) {
         clhs(x = i, size = round(nrow(i) / 5), iter = 2000, simple = FALSE)
       },
    )

Answer 1

这对我有用(注意我改变了迭代次数以使事情以合理的速度前进)。

library(snowfall)
sfInit(parallel = TRUE, cpus = 4, type = "SOCK")
sfLibrary(clhs)

x <- sfLapply(abcd, fun = function(x) {
            clhs(x = x, size=round(nrow(x)/5), iter = 200, simple =FALSE)
        })

     Length Class       Mode
[1,] 5      cLHS_result list
[2,] 5      cLHS_result list
[3,] 5      cLHS_result list
[4,] 5      cLHS_result list