r - Pandoc 同时使用 R markdown 和 cron 命令

Question

我正在尝试创建一个 cron 命令，它将使用 R markdown 以指定的时间间隔创建一个新的 html 页面。我发现这是一个 pandoc 问题。

当我记录我的 cron 命令时，我收到以下错误消息

Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available). Execution halted

有没有我可以添加的简单代码 到 .Rmd 文件 在执行 cron 命令时将其指向 pandoc？

保留原帖。那是在这一段下面。

我想要做的就是一个名为 test_doc.Rmd 的文件.

当我在命令行上运行以下命令时，它运行成功:

RScript -e "library(rmarkdown); render(\"/path/test_doc.Rmd\")"

但是，当我在 crontab 中运行它时，我没有成功。我正在运行这个版本:

25      10      *       *       *       RScript -e "library(rmarkdown); render(\"/path/test_doc.Rmd\")"

我很困惑。我不相信这是文件路径问题，因为我在 crontab 中运行了其他 R 脚本(不是 rmarkdown)并且正在工作。我使用的是 Mac OS X 10.10.5

Answer 1

我也遇到了同样的情况，我在 related post 中找到了答案。关于您的错误消息(我什至没有看到):

Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available). Execution halted

您必须在渲染之前指定 RSTUDIO_PANDOC 环境变量，如下所示:

Rscript -e 'Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="/usr/lib/rstudio/bin/pandoc"); rmarkdown::render("test_doc.Rmd")'

这应该可以解决您的 cronjob 问题。它对我有用。
我假设大多数 Linux+RStudio 用户都在/usr/... 路径中安装了 pandoc。否则，使用 Sys.getenv("RSTUDIO_PANDOC") 查询位置从编织工作的交互式 session 中，并替换上述命令中的路径。