r - 如何在 R 中安装 topicmodels 包？

Question

我正在尝试安装名为 topicmodels 的软件包在 R 中，我没有成功。这是我尝试过的...

行动:
使用 install.packages("topicmodels") 安装软件包

结果:

package ‘topicmodels’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘topicmodels’ is not available (for R version 3.1.0)

所以我说好的让我们从源代码安装

行动: install.packages("/Users/my_name/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz",repos=NULL,type="source")
结果:

* installing *source* package ‘topicmodels’ ...
** package ‘topicmodels’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c cokus.c -o cokus.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c common.c -o common.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c ctm.c -o ctm.o
ctm.c:29:10: fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found

include gsl/gsl_rng.h

1 error generated.
make: *** [ctm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘topicmodels’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/topicmodels’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘/Users/me/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz’ had non-zero exit status

然后我研究了这个 gsl 的东西并发现了 this link .目前我认为我所有的问题都消失了，当我最终按照这些指示进行时。我收到以下错误(在终端中)...

Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  using pax extended headers
ERROR: cannot extract package from ‘topicmodels.tar.gz’

Answer 1

首先你要安装gsl .安装完成后，您可以尝试安装 R 包。您可以从 here 下载 gsl (在那里您可以选择最新版本 gsl-latest.tar.gz )。下载后，通过执行以下操作进行安装:

解压缩下载的文件(在我的情况下，“最新”文件包含此版本:gsl-1.16)

打开“终端”

然后(使用终端)，移动到您在第 1 步中创建的文件夹内。在我的情况下，我在名为“下载”的文件夹中有文件，所以我通过执行以下操作移动到新创建的文件夹:

cd Downloads/gsl-1.16

进入该文件夹后，运行以下命令(按顺序):

./configure
make
sudo make install

这样做后，您将不会收到之前的错误信息 fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found ，以便您可以再次尝试安装。

现在返回到您的 R 环境(例如，RStudio)通过执行以下操作再次尝试安装包:

install.packages("PATH_TO_TOPIC_MODELS.tar.gz", repos=NULL, type="source").

我遇到了同样的问题，这样做后我正确安装了 R 包，我希望它也适用于您的情况。