r - 合并两个表并为 R 中的每个表添加标题

Question

我想并排显示两个回归分析的结果，比如说逻辑回归和 COX 回归。变量以行形式呈现，p、OR/HR 和置信区间的相应数据以列形式呈现。因此，列名称不匹配:OR 位于左侧，HR 位于右侧。

我尝试了 cbind，但遇到了以下问题:

(1) 如果由于变量选择而导致一个变量(行)仅出现在一张表中怎么办？在这种情况下，在将两者组合时，另一个表中必须有一个空白行。

(2) 两个表合并后，如何添加跨越每个表的四列的标题，以便将它们标记为逻辑或 COX？

我正在寻找的输出将通过 xtable 显示为 latex 表:

   | Logistic regression          | COX regression
   | p     | OR    | 2.5% | 97.5% | p     | HR    | 2.5% | 97.5% 
v1 | 0.849 | 0.936 | ...  | ...   |       |       |      |
v2 | 0.249 | 0.595 | ...  | ...   | 0.026 | 1.916 | ...  | ...
v3 |       |       |      |       | 0.023 | 0.140 | ...  | ...

这里是一些示例代码:

library(xtable);library(survival)
# Creating a sample data frame
set.seed(1234)
event <- as.numeric(round(rnorm(10,5,5))>1);tte<-abs(round(rnorm(10,5,5)))
v1 <- round(rnorm(10,5,5));v2 <- round(rnorm(10,2,5));v3 <- round(rnorm(10,1,5))
df<-data.frame(event, tte, v1, v2, v3)

# Some logistic regression ...
LogReg <- glm(event~v1+v2,family=binomial,data=df)
LogRegTable<-round(cbind(summary(LogReg)$coef[, "Pr(>|z|)"], exp(coef(LogReg)),   exp(confint(LogReg))),3)
colnames(LogRegTable)<-c("p","OR","2.5%","97.5%")
LogRegTable<-LogRegTable[!rownames(LogRegTable)=="(Intercept)",] 

# ... and some COX regression
CoxReg <- coxph(Surv(df$tte, df$event)~v2+v3,data=df)
CoxRegTable<-round(cbind(summary(CoxReg)$coef[, "Pr(>|z|)"], exp(coef(CoxReg)),  exp(confint(CoxReg))),3)
colnames(CoxRegTable)<-c("p","HR","2.5%","97.5%")

# There we go
LogRegTable
CoxRegTable

# Now, how to get them in one table?
xtable(
  cbind(LogRegTable, CoxRegTable)
)
# ... messes up the correct row names   

Answer 1

如MrFlick建议，您可以使用 merge() 比使用 cbind 更有效地执行此操作。

您可以按如下方式使用 merge():

xtable <- merge(LogRegTable, CoxRegTable, by.x = "p", by.y = "p", all = TRUE)

在本例中，by.x 和 by.y 引用您要合并的列。如果两个表中的列名称相同(如本例所示)，则您可以仅使用 by = "p"，但此方法(使用 by.x 和 by.y)允许您合并两个不同的列标题。

all = TRUE 将强制合并表保留两个表中的所有行，即使它们不共享 p 值。如果您将其更改为 FALSE，那么它将删除 p 值在两个表中都不存在的所有行。

如果您想重命名之后的列名称(尽管您的列名称应该已令人满意地保留)，您可以使用 colnames() 如下:

colnames(xtable) <- c("col1_name", "col2_name", etc)