r - R包 reshape 函数融化错误:使用许多因素时，在数据中找不到id变量

Question

我正在使用mothur的稀有度输出，这基本上给了我一个数据集，其中包含采样的序列数和几个采样中的唯一序列数。我想使用ggplot2可视化此数据，因此需要使用melt从wide转换为long格式。

问题是由于melt错误，我找不到任何方法可以使此工作。基本上说


错误：在数据中找不到ID变量：1、3、6，（...等）


由于原始数据集的大小，因此在此处共享它是不切实际的，但是应该可以使用以下代码来重新创建相同的问题：

a<-seq(0,300,3)
b<-runif(length(a))
c<-runif(length(a))
d<-as.data.frame(cbind(a,b,c))
d$a<-as.factor(d$a)
melt(d,d$a)

给出完全相同的错误：


错误：在数据中找不到ID变量：0、3、6、9，（...）


我看不到我在做什么错。我在ubuntu服务器12.04上使用R 2.15.1。函数 reshape::melt和 reshape2::melt都导致相同的错误。

Answer 1

您应该使用：

melt(d, id.vars="a")
      a variable       value
1     0        b 0.019199459
2     3        b 0.693699677
3     6        b 0.937592641
4     9        b 0.299259963
5    12        b 0.485403439
...

在 ?melt.data.frame的帮助下：


数据
数据框融化

id.vars
id变量的向量。可以是整数（可变位置）或
字符串（变量名）如果为空，将使用所有非测量变量


因此，您的 id.vars参数应该是名称的字符向量，例如“ a”或数字矢量，例如 1。此向量的长度应等于您想要用作ID的列数。

取而代之的是，您使用的因素所包含的元素远远超过数据中的列。