r - 使用两个比例颜色渐变ggplot2

Question

如果有的话，我认为必须有一个非常简单的解决方案。我有两个基本上看起来像这样的大数据框：

> data1[1,]
      chromosome start    end      test ref position log2      p.value 
13600 Y          10199251 10200750 533  616 10200000 0.2181711 0.00175895   
...

> data2[1,]
      chromosome start    end      test ref position log2       p.value 
4080  Y          10197501 10202500 403  367 10200000 0.04113596 0.3149926   
...

我正在使用此代码将两个数据框绘制到同一张图中：

p <- ggplot() + geom_point(data=subset(data1, p.value >= glim[1]),
map=aes(x=position, y=log2, colour=p.value))
+ geom_point(data=subset(data2, p.value >= glim[1]), map=aes(x=position,
y=log2, colour=p.value))

当我绘制单个数据帧时，我对“ p.value”列中的值使用了红白色渐变。使用此行：

p <- p + scale_colour_gradient(limits=glim, trans='log10', low="red", 
high="white") 

中心问题是：现在有了两个数据框，如何为data1设置一个颜色渐变，为data2设置另一个颜色渐变？我在上一篇文章中读到，不可能使用两种不同的色标（例如，第一个使用“ low =“，第二个使用“ high =”），但是在这种情况下，色标是完全相同的（如果我不混淆术语）。语法显然是不正确的，但我想做这样的事情：

p <- p + scale_colour_gradient(limits=glim, trans='log10', low="red", 
high="white") 

p <- p + scale_colour_gradient(limits=glim, trans='log10', low="blue", 
high="white") 

Answer 1

首先，请注意ggplot不鼓励这样做的原因是因为这些图往往难以解释。

您可以通过作弊来获得两个颜色渐变标尺。在geom_point中，某些形状（21到25）可以同时具有填充和颜色。您可以利用它来创建一个具有“填充”比例的图层，以及另一个具有“颜色”比例的图层。

# dummy up data
dat1<-data.frame(log2=rnorm(50), p.value= runif(50))
dat2<-data.frame(log2=rnorm(50), p.value= runif(50))

# geom_point with two scales
p <- ggplot() +
       geom_point(data=dat1, aes(x=p.value, y=log2, color=p.value), shape=21, size=3) +
       scale_color_gradient(low="red", high="gray50") +
       geom_point(data= dat2, aes(x=p.value, y=log2, shape=shp, fill=p.value), shape=21, size=2) +
       scale_fill_gradient(low="gray90", high="blue")
p