r - 将线段添加到散点图

Question

(这遵循 ggplot2 loess Q 我得到了一个很好的答案)——导致这个情节:



我的 R 知识非常有限(对不起!)

我使用表 data1 中的数据绘制散点图。

data1<-NaRV.omit(data[,c(2,3,7,10)]) #(2=start, 3=end, 7=value, 10=type)
ylabs='E / A - ratio'
p1<-ggplot(data1, aes(x=start, y=value)) +
ylim(0,5) +
geom_point(shape=points, col=pointcol1, na.rm=T) +
geom_hline(aes(yintercept=1, col=linecol)) +
geom_smooth(method="loess", span=spanv, fullrange=F, se=T, na.rm=T) +
#
xlab(xlabs) +
ylab(ylabs)

有些区域没有数据(包括中间的一个大区域，还有较小的离散区域)，我想在 y=0 处绘制彩色线段来说明这一事实

我将两种数据类型合并到一个带有标签 column#10='type'(散点数据 ='cnv' 和 no-data='nregion' 的内容)的表中。 nregions 在值列中为 0。

我怎样才能只使用“cnv”数据来绘制线段，而只使用“nregion”数据来绘制线段；都在同一个情节上？

我找到了 geom_segment:

+ geom_segment(aes(x=data1$start, y=0, xend=data1$end, yend=0))

但是我没有找到对每个 ggplot 子图进行子集化的方法。

谢谢

#### 跟进@gauden 解决方案

嗨@gauden
我试过你的方法，它部分奏效。
我的问题是我不能像你使用 ]-1 那样很好地划分我的数据； 0] 因为我的 nregions 是分散的(由图片中的蓝色点和线表示)并且对于每个新图形都是不同的，如下图所示:



因此，黄土像以前一样穿过大的 nregion。我怎样才能防止nregions的黄土？

#############################
## plot settings (edit below)
spanv<-0.1
pointcol1="#E69F00"
pointcol2="#56B4E9"
pointcol3="#009E73"
points=20
onecol="green"
colnreg="blue"
xlabs=paste(onechr, " position", " (loess-span=", spanv, ")", sep="")

##### end edit ##############

########################################################
## using the center coordinate of each segment and points

## prepare plot #1
# plot E / A - ratio
## draw loess average for cnv
## draw line for nregion
ylabs='E / A - ratio'
p1<-ggplot(chrdata, aes(x=start+1000, y=E.R, group=type, label=type)) +
ylim(0,5) +
geom_hline(aes(yintercept=1, col=onecol)) +
geom_point(data = chrdata[chrdata$type != 'nregion',], shape=points, col=pointcol2) +
geom_smooth(data = chrdata[chrdata$type != 'nregion',], method="loess", span=spanv) +
geom_point(data = chrdata[chrdata$type == 'nregion',], col=colnreg) +
geom_segment(data = chrdata[chrdata$type == 'nregion',], aes(x=start, y=E.R, xend=end, yend=E.R), colour=colnreg, linetype=1, size=1) +
xlab(xlabs) +
ylab(ylabs)

Answer 1

编辑:完整修订以允许澄清请求

这是我的目标情节:


这是产生它的代码:

library("ggplot2")

# CREATE DATA FRAME
# This is the sort of data that I understand you to have
start <- rnorm(200)
value <- rnorm(200) 
df <- data.frame( cbind(start, value) )
df[ df$start > -0.6 & df$start <= 0, "value"] <- 0
df[ df$start > -1.6 & df$start <= -1.3, "value"] <- 0
df[ df$start > 0.9 & df$start <= 1.2, "value"] <- 0

df$type <- rep('cnv', 200)
df[ df$value == 0, "type"] <- 'nregion'
df[ df$value != 0, "type"] <- 'cnv'

# SORT the data frame by value so that the 'cnv' and 
# 'nregion' chunks become contiguous
df <- df[order(start),]

# See note below. 
r <- rle(df$type)
df$label <- rep(seq(from=0, length=length(r$lengths)), times=r$lengths)

# set up plot with colour aesthetic to distinguish the three regions
# playing around with colour and group produces different effects
p <- ggplot(df, aes(x = start, 
                    y= value,
                    colour=type,
                    group = label)
            )
p <- p + theme_bw()
# draw points outside the 'nregion'
p <- p + geom_point( data = df[df$type != 'nregion',] )

# draw smoothed lines outside the 'nregion'
p <- p + geom_smooth( data = df[df$type != 'nregion',] )


# plot zero points inside the 'nregion' 
p <- p + geom_smooth( data = df[df$type == 'nregion',], size = 2 )
p

rle的使用在对 a supplementary question 的回答中进一步解释了