r - 从 TukeyHSD 测试中提取 "p adj"值

Question

使用虚拟数据集:

Species      Var1     Var2   Var3
   a          1         2      3
   a          4         5      6 
   b          7         8      9
   b          10       11      12

我有多个物种和大约 50 个变量 (Var50)。例如，我想对每个响应变量的配对分组变量(物种)执行单向方差分析，并获得在 95% 置信区间具有统计显着性的频率输出。我开始编写一个函数来做到这一点，如下所示:

data<-read.table("example.txt", header=T, sep="\t")
function(y){
for(y in 2:50)
anova.r<-aov(y~Species, data = data)
result<-TukeyHSD(anova.r, conf.level = 0.95) 
f.result ## I cannot figure out how to extract the "p adj" from the results

f.result<-sum(prob.result>=0.05)
write.table(f.result, file = "anova95.csv", sep = ",",
        col.names = FALSE, append=TRUE)
}  

最终，我希望决赛 table (虚拟答案)看起来像

                     Var1   Var2   Var3......Var50 
Frequency at 95% CI   106    200    45         246 

我知道我可以使用 [[]]访问 Tukey 检验结果中的数据。我曾尝试使用 tukey.results[[1]][,1]高达 tukey.results[[1]][,3]无济于事。 tukey.results[[1]]返回 Tukey 测试中的所有列。

另外，我想我可能不得不使用 cbind在函数的某处获取各自列中的数据。或者我认为可以使用 apply命令，但我不知道如何在每次迭代改变响应变量的同时保持分组变量不变。

任何建议将不胜感激。

Answer 1

如果你也在寻找变量，试试这个:

summary(fm1 <- aov(breaks ~ wool + tension, data = warpbreaks))
kk<-TukeyHSD(fm1, "tension", ordered = TRUE)
kk$tension
result<-data.frame( kk$tension)
result["p.adj"]

            p.adj
M-H 0.447421021
L-H 0.001121788
L-M 0.033626219