r - 使用不同长度列的箱线图

Question

我想做一些箱线图，但我有每列不同行数的数据。
我的数据看起来像:

OT1     OT2     OT3     OT4     OT5     OT6
22,6130653  16,6666667  20,259481   9,7431602   0,2777778   16,0678643
21,1122919  32,2946176  11,396648   10,9458023  4,7128509   10,8938547
23,5119048  19,5360195  23,9327541  39,5634921  0,6715507   12,2591613
16,9880885  39,5365943  7,7568134   22,7453205  3,6410445   11,7610063
            32,768937   25,2897351  9,6288027   4,1629535   3,7251656
            40,7819933              15,6320021  5,9171598   
            23,7961828              14,3728125  2,1887585

我想为每一列(OT1、OT2...)绘制一个箱线图，但将前三列和后三列组合在一起。
我试过:

>mydata <- read.csv('L5.txt', header = T, sep = "\t")
>mydata_t <- t(mydata)
>boxplot(mydata_t, ylab = "OTU abundance (%)",las=2, at=c(1,2,3 5,6,7))

但它没有用……
我能怎么做？
谢谢!

Answer 1

结合两个答案并扩展 Henrik 的答案，您还可以在 boxplot() 中将 OT 组合在一起。还有:

dat <- read.table(text='OT1     OT2     OT3     OT4     OT5     OT6
22,6130653  16,6666667  20,259481   9,7431602   0,2777778   16,0678643
21,1122919  32,2946176  11,396648   10,9458023  4,7128509   10,8938547
23,5119048  19,5360195  23,9327541  39,5634921  0,6715507   12,2591613
16,9880885  39,5365943  7,7568134   22,7453205  3,6410445   11,7610063
            32,768937   25,2897351  9,6288027   4,1629535   3,7251656
            40,7819933              15,6320021  5,9171598   
            23,7961828              14,3728125  2,1887585',header=TRUE,fill=TRUE)

dat <- sapply(dat,function(x)as.numeric(gsub(',','.',x)))
dat.m <- melt(dat) 
dat.m <- transform(dat.m,group=ifelse(grepl('1|2|3','4|5|6'),
                                      'group1','group2')) 
as.factor(dat.m$X2)
 boxplot(dat.m$value~dat.m$X2,data=dat.m, 
        axes = FALSE, 
        at = 1:6 + c(0.2, 0, -0.2), 
        col = rainbow(6))
axis(side = 1, at = c(2, 5), labels = c("Group_1", "Group_2"))
axis(side = 2, at = seq(0, 40, by = 10))
legend("topright", legend = c("OT1", "OT2", "OT3", "OT4", "OT5", "OT6"), fill = rainbow(6))
abline(v = 3.5, col = "grey")
box()